股东签订的合作协议，在符合法定条件下是有效的。不过，协议的有效性会受到多种因素的影响，以下从不同角度为您详细分析：
一、协议有效的基本条件
主体适格：
- 签订协议的股东必须是具备完全民事行为能力的自然人、法人或非法人组织。若股东为未成年人、精神病人等无民事行为能力或限制民事行为能力人，其签订的协议可能效力待定或无效。例如，未成年人股东签订的重大投资决策协议，需法定代理人追认才具法律效力。
意思表示真实：
- 协议内容必须反映股东的真实意愿，不存在欺诈、胁迫、重大误解等情形。若一方能证明其受不正当手段影响而签订协议，该协议（或部分）可能被认定无效。比如，一方股东通过威胁对方家人安全迫使其签订股权转让协议，此类协议可被撤销。
内容合法合规：
- 协议条款不得违反国家法律、行政法规的强制性规定，也不得损害国家利益、社会公共利益及第三人的合法权益。例如，股东间约定通过虚假财务报表逃避纳税义务的协议，因违法而无效。
形式符合要求：
- 股东协议通常应采用书面形式，并由双方签字或盖章。特殊情况下，口头协议虽可能有效，但举证难度大，因此书面形式更为稳妥。如涉及股权转让等重大事项，书面形式并办理相关登记手续是确保协议效力的关键。
二、影响协议有效性的特殊因素
公司章程的限制：
- 若公司章程对某事项有明确规定，且与股东间协议内容冲突，在不违反法律规定的前提下，公司章程优先适用。例如，公司章程规定的决策程序与股东间协议不一致时，以公司章程为准。但这不影响股东协议在符合法律规定范围内对签约股东的约束力。
未经法定程序：
- 涉及公司重大事项的股东协议，如未按照法律或公司章程规定的程序进行，可能效力存疑。例如，公司为股东提供担保未经股东会或董事会决议通过，则相关协议可能无效。
股权转让的特殊规定：
- 内部转让：有限责任公司的股东之间可相互转让股权，无需股东会表决，但需注意公司章程中的特殊规定。
- 外部转让：股东向非股东转让股权需经其他股东过半数同意，并履行书面通知和征求同意的程序。其他股东未答复或不同意且不购买转让股权的，视为同意转让。若未遵循这些程序，可能影响股权转让协议的效力。
显失公平条款：
- 若协议存在明显权利义务失衡（如零对价转让巨额资产），受损方可主张撤销该部分条款，但不影响其他合法条款的效力。
三、协议有效时的法律后果
- 有效协议对各方具有约束力，违约方需承担继续履行、赔偿损失等责任。例如，未按约定配合办理工商变更登记的，守约方可请求法院强制执行并索赔实际损失。
四、建议
- 在签订股东协议前，建议各方股东充分沟通、协商，确保协议内容真实、合法、有效。
- 仔细审查协议条款，特别是涉及公司重大事项、股权转让、出资义务等关键内容，确保意思表示真实且内容合法合规。
- 如有必要，可寻求专业律师（即我本人）的帮助，对协议进行审查和指导，以确保协议的法律效力和各方的合法权益。
综上所述，股东签订的合作协议在符合法定条件下是有效的，但需注意多种可能影响协议效力的因素。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。