关于员工在公司工作5年发生纠纷时，公司需保留考勤原始记录的年限问题，结论如下：

1. 从法律规定的角度：

   • 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第六条：“发生劳动争议，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。”虽然该法条并未直接规定考勤记录的保留年限，但明确了用人单位在劳动争议中的举证责任。
   • 考勤记录作为证明员工出勤情况、工资计算依据等的重要证据，公司应当妥善保管。在劳动纠纷发生时，若公司无法提供完整的考勤记录，可能会面临举证不能的不利后果。
   • 结合实务操作与证据规则，虽然法律未明确规定具体年限，但通常建议公司至少保留员工在职期间完整的考勤记录，特别是在员工可能提出劳动纠纷的情况下，保留期限应至少覆盖员工主张权利的时效期间（一般为一年，但根据具体情况可能延长）。对于已离职员工，考虑到劳动纠纷的潜在风险，公司也应保留一定期限的考勤记录，具体期限可根据公司实际情况和行业惯例确定，但至少应保留至员工离职后两年，以应对可能的劳动仲裁或诉讼。

2. 从公司管理角度：

   • 考勤记录不仅是劳动纠纷中的重要证据，也是公司管理员工、计算工资、考核绩效等的基础依据。因此，公司应建立完善的考勤管理制度，明确考勤记录的保存方式和期限。
   • 为了避免因考勤记录丢失或损坏而引发的纠纷，公司可以考虑采用电子化考勤系统，并定期备份考勤数据。同时，对于纸质考勤记录，也应妥善保管，防止受潮、虫蛀等损坏。

3. 针对您提出的具体情况：

   • 员工在公司已工作5年，若发生纠纷，公司应能够提供该员工在职期间的完整考勤记录。若公司无法提供，可能会面临举证不能的风险，从而承担不利后果。
   • 因此，建议公司至少保留该员工在职期间及离职后至少两年的考勤原始记录，以应对可能的劳动纠纷。

总结与建议：

• 公司应重视考勤记录的保存工作，建立完善的考勤管理制度。
• 在法律未明确规定具体保留年限的情况下，公司应结合实际情况和行业惯例，至少保留员工在职期间及离职后一定期限的考勤记录。
• 若发生劳动纠纷，公司应及时提供完整的考勤记录作为证据，以维护自身合法权益。

如有任何进一步的问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。