结论：劳动争议超过两年，但考勤记录只有两年以内的，劳动仲裁的判定会受到仲裁时效和证据规则的双重影响。具体来说，仲裁机构会审查争议是否在仲裁时效内，并依据现有证据（如两年内的考勤记录）来认定事实。
分析角度一：仲裁时效的适用
仲裁时效规定：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。但劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受一年仲裁时效期间的限制；不过，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。
超过时效的处理：
- 如果劳动争议已经超过了一年的仲裁时效，且没有中止、中断的情形，那么仲裁机构可能会以超过时效为由不予受理或驳回申请。但需要注意的是，即使超过时效，如果劳动者能证明存在不可抗力或其他正当理由，仲裁时效可能会被中止或中断。
分析角度二：考勤记录的证据效力
考勤记录作为证据：
- 考勤记录是证明劳动者出勤情况的重要证据。在劳动争议中，如果考勤记录显示劳动者在争议期间内的出勤情况，那么这份记录将作为认定事实的重要依据。
只有两年内考勤记录的影响：
- 如果只有两年内的考勤记录，而劳动争议涉及的时间段超过两年，那么仲裁机构在认定事实时，将主要依据这两年内的考勤记录。对于超过两年的部分，如果劳动者无法提供其他证据（如工资单、工作证、同事证言等）来证明其出勤情况或劳动关系存续，那么仲裁机构可能无法认定这部分事实。
分析角度三：综合判断与举证责任
综合判断：
- 仲裁机构在审理劳动争议时，会综合考虑各种证据和因素，包括考勤记录、工资单、劳动合同、工作证、同事证言等，来认定事实并作出裁决。
举证责任：
- 在劳动争议中，劳动者通常需要承担举证责任，证明其主张的事实。如果劳动者无法提供足够的证据来支持其主张，那么可能会承担不利后果。因此，对于超过两年的劳动争议部分，劳动者应尽可能提供其他证据来证明其出勤情况或劳动关系存续。
建议：
- 对于劳动者来说，如果面临劳动争议且考勤记录只有两年以内的情况，应尽快收集其他证据来支持其主张，如工资单、工作证、同事证言等。
- 同时，劳动者也应注意仲裁时效的问题，确保在时效期内提出仲裁申请。如果已经超过时效，应咨询专业律师评估是否存在中止、中断的情形或是否有其他救济途径。
- 在整个过程中，劳动者应保持与用人单位的沟通，尝试通过协商、调解等方式解决争议，以降低维权成本和时间成本。
如有任何进一步疑问或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。