在劳动纠纷中，关于“公司认为劳动关系事实解除，谁来举证”的问题，结论是：一般情况下，应由主张劳动关系解除的一方（即公司）承担举证责任。以下从多个角度进行详细分析：

一、举证责任的基本原则

在劳动纠纷中，举证责任通常遵循“谁主张，谁举证”的原则。这意味着，如果公司主张劳动关系已经事实解除，那么公司就需要提供充分的证据来证明其主张。这是基于法律对于公平和正义的追求，确保每一方都能就其主张提供充分的证据支持。

二、劳动关系解除的举证责任

1. 公司主张解除：

   • 当公司认为劳动关系已经事实解除时，它需要提供证据来证明这一点。这些证据可能包括但不限于：解除劳动合同的书面通知、员工签收的回执、公司内部的解除决定文件、与员工就解除劳动关系进行的协商记录等。
   • 如果公司无法提供这些证据，或者提供的证据不足以证明劳动关系已经解除，那么公司可能需要承担不利的法律后果，如被认定违法解除劳动关系，需要支付赔偿金等。

2. 员工否认解除：

   • 如果员工否认劳动关系已经解除，那么员工通常不需要承担举证责任来证明劳动关系仍然存在。因为，在劳动关系中，员工通常处于相对弱势的地位，要求员工证明劳动关系仍然存在可能对其不公平。
   • 然而，如果员工主张劳动关系仍然存在，并且因此要求公司支付工资、福利等，那么员工可能需要提供一些基本的证据来支持其主张，如工作证、工资条、考勤记录等。但这些证据主要是用来证明员工与公司之间存在劳动关系，而不是用来证明劳动关系没有解除。

三、特殊情况下的举证责任

在某些特殊情况下，举证责任可能会发生转移或者分担。例如：

• 公司因员工严重违纪而解除劳动关系：如果公司主张因员工严重违纪而解除劳动关系，那么公司不仅需要提供证据证明员工存在违纪行为，还需要证明该违纪行为达到了严重违纪的程度，足以构成解除劳动关系的理由。同时，如果员工否认存在违纪行为或者认为违纪行为不严重，那么员工也可能需要提供证据来支持其主张。
• 员工主张公司违法解除劳动关系：如果员工主张公司违法解除劳动关系，并要求公司支付赔偿金等，那么员工需要提供证据证明公司存在违法解除的行为。这通常包括证明公司没有按照法定程序解除劳动关系、解除理由不合法等。

四、法律建议

1. 对于公司：在主张劳动关系已经事实解除时，务必确保提供充分的证据来支持其主张。这不仅可以避免不必要的法律纠纷，还可以维护公司的声誉和利益。
2. 对于员工：如果公司主张劳动关系已经解除，而员工认为这一主张不成立，那么员工可以积极收集证据来支持其主张。同时，员工也可以咨询专业律师，了解其权益和可能的法律途径。

如有任何劳动纠纷方面的疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供专业的法律意见和帮助。