病情证明住院期间，工资是否扣除需根据具体情况判断，一般而言，因工作原因住院的，工资不应扣除；非工作原因住院的，工资扣除情况需依据公司规章制度及劳动合同确定。以下是对此问题的详细分析：
一、因工作原因住院的情况
如果员工是因为工作原因（如工伤）而住院治疗，根据《工伤保险条例》的相关规定，员工在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这意味着，因工作原因住院的员工，在停工留薪期内，其工资是不应被扣除的。停工留薪期一般不超过12个月，具体期限根据工伤员工的伤情和医院的诊断证明来确定。
二、非工作原因住院的情况
如果员工是因为非工作原因（如个人疾病）而住院治疗，那么工资扣除情况就需要依据公司的规章制度以及劳动合同中的相关条款来确定。
公司规章制度：许多公司会在规章制度中明确规定员工因病住院期间的工资支付情况。有些公司可能会规定，员工在住院期间享受病假工资，病假工资的数额可能低于正常工资，但不应低于当地最低工资标准的80%。也有些公司可能会规定，员工在住院期间不享受工资支付，或者只支付部分工资。
劳动合同：劳动合同是员工与公司之间约定权利和义务的法律文件。如果劳动合同中明确规定了员工因病住院期间的工资支付情况，那么双方应按照劳动合同的约定来执行。
法律法规：虽然非工作原因住院的工资扣除情况主要依据公司规章制度和劳动合同，但也不能违反法律法规的强制性规定。例如，根据《劳动法》的相关规定，员工在法定休假日和婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。虽然这一条款并未直接涉及员工因病住院的情况，但体现了法律对员工工资支付的保护原则。
三、建议与注意事项
查看公司规章制度和劳动合同：员工在住院前或住院期间，应仔细查看公司的规章制度和劳动合同，了解自己因病住院期间的工资支付情况。
与公司沟通：如果员工对公司规章制度或劳动合同中的工资支付条款有疑问或不满，应及时与公司沟通，寻求解决方案。
保留相关证据：员工在住院期间，应保留好医院的诊断证明、住院记录等相关证据，以备不时之需。
寻求法律援助：如果员工与公司之间因工资支付问题产生纠纷，且无法通过沟通解决，员工可以寻求法律援助或向劳动争议调解仲裁机构申请调解仲裁。
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