病休证明书本身并不直接决定是否扣工资，是否扣工资取决于病假期间的工资支付规定以及公司的具体规章制度。以下从不同角度为你详细分析：

一、法律法规层面

根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》以及相关的劳动法律法规，职工因病或非因工负伤需要停止工作医疗时，企业应当根据职工实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予一定的医疗期。在医疗期内，企业不得随意解除劳动合同，并且应当按照规定支付病假工资或者疾病救济费。

1. 病假工资支付标准：

   • 病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。
   • 具体支付比例可能因地区和公司政策而异，但不得违反上述最低标准。

2. 医疗期长度：

   • 医疗期的长度根据职工实际参加工作年限和在本单位工作年限确定，从3个月到24个月不等。
   • 在医疗期内，职工享有病假工资待遇。

二、公司规章制度层面

除了法律法规的规定外，公司还可以根据自身情况制定病假管理制度，明确病假期间的工资支付方式、请假流程等。

1. 公司政策影响：

   • 如果公司政策规定病假期间全额支付工资，那么职工在提供病休证明书后，将不会扣工资。
   • 如果公司政策规定病假期间支付部分工资或者按照一定比例支付，那么职工在病假期间的工资将会相应减少。

2. 请假流程与证明材料：

   • 职工在申请病假时，通常需要提供病休证明书等证明材料。
   • 公司会根据这些证明材料审核职工的病假申请，并按照公司政策支付病假工资。

三、实际操作建议

1. 了解公司政策：

   • 职工在申请病假前，应当先了解公司的病假管理制度和工资支付规定。
   • 这样可以帮助职工更好地规划自己的病假期间的经济安排。

2. 提供完整证明材料：

   • 职工在申请病假时，应当提供完整的病休证明书等证明材料。
   • 这有助于公司审核病假申请，并按照规定支付病假工资。

3. 维护自身权益：

   • 如果职工认为公司在病假工资支付方面存在违法行为或者不合理之处，可以向当地劳动监察部门投诉或者寻求法律援助。

举例说明：假设某公司规定病假期间支付工资的80%，且不低于当地最低工资标准的80%。如果职工的月工资为5000元，当地最低工资标准为2000元，那么职工在病假期间每月至少可以获得1600元（2000元的80%）的病假工资。如果公司政策更优厚，比如支付全额工资或者更高比例的工资，那么职工将获得更多的病假工资。

总结来说，病休证明书是职工申请病假的重要证明材料，但它本身并不直接决定是否扣工资。是否扣工资取决于病假期间的工资支付规定以及公司的具体规章制度。因此，职工在申请病假前，应当先了解相关法律法规和公司政策，以便更好地维护自己的合法权益。如果你有更多关于劳动工伤（工资福利）方面的问题，可以直接向我咨询。