针对违法车间已缴纳罚款后的处理方式，需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若罚款为行政处罚且已执行完毕
   根据《行政处罚法》第36条，行政处罚决定书生效后，当事人需在15日内履行罚款缴纳义务。若已全额缴纳且无其他违法行为，处罚程序即告终结。但需注意：

   • 后续监管：环保、安监等部门可能对车间进行复查，若发现持续违法（如未整改污染设备、未取得生产许可等），可能面临责令停产整顿、吊销许可证等更严厉处罚；
     
   • 信用影响：罚款记录可能被纳入企业信用信息公示系统，影响企业招投标、融资等经营活动，建议主动修复信用（如通过合规整改申请移出异常名录）。

2. 若罚款涉及刑事犯罪（如重大环境污染事故罪）
   若车间违法行为已构成犯罪（如排放有毒物质超标3倍以上、造成严重环境污染），仅缴纳行政罚款不能免除刑事责任。根据《刑法》第338条，可能面临：

   • 刑事追责：企业直接负责的主管人员和其他责任人员可能被判处3年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金；
     
   • 罚金叠加：刑事判决中可能并处罚金，与行政罚款不冲突，需另行缴纳。

3. 若对罚款合法性存疑
   若认为罚款存在程序违法（如未告知听证权利、证据不足）或金额不当（如超出法定幅度），可依法维权：

   • 行政复议：自知道处罚决定之日起60日内，向作出处罚的上级机关申请复议；
     
   • 行政诉讼：若复议未获支持，可在6个月内直接向法院起诉，要求撤销或变更处罚决定。

行动建议：

• 立即核查处罚决定书内容，确认违法事实、法律依据及整改要求；
  
• 若已整改，保留整改证据（如检测报告、设备采购合同）以备复查；
  
• 若未整改，需尽快完成合规改造，避免处罚升级；
  
• 对处罚有异议时，及时委托律师分析证据链，制定复议或诉讼策略。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律问题。