针对您提出的“工厂有员工罚款怎么处理”的问题，这是一个涉及劳动法规定和员工权益的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，在现行法律框架下，用人单位（包括工厂）一般无权对员工进行罚款。这一原则基于以下几点法律依据和解释：
法律未赋予罚款权：
- 《劳动法》和《劳动合同法》并未明确赋予用人单位对员工进行罚款的权力。
- 2008年《企业职工奖惩条例》废止后，用人单位不再对劳动者有罚款的权力。
行政处罚的严格限制：
- 根据《行政处罚法》，行政处罚一般只能由国家行政机关实施，且对可以实施行政处罚权的非行政机关有严格的主体资格要求。
- 用人单位一般不具备实施行政处罚的条件和资格。
合法救济途径：
- 对于劳动者给用人单位造成的损害，劳动保障法律提供了其他救济途径，如解除劳动合同、要求劳动者赔偿损失以及按约定支付违约金等。
- 若员工因本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，且经济损失的赔偿可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
针对您工厂的具体情况，如果需要对员工进行某种形式的“处罚”或管理，建议采取以下合法且合理的措施：
- 完善规章制度：确保工厂的规章制度与国家法律法规相一致，明确员工的行为规范和违规后果，但避免使用“罚款”等违法表述。
- 绩效管理：将员工的工作表现、违规行为等纳入绩效考核体系，通过绩效扣分、奖金调整等方式进行管理。
- 沟通协商：在实施任何管理措施前，与员工进行充分的沟通和协商，尽量达成双方都能接受的解决方案。
- 法律途径：若员工确实给工厂造成了经济损失，且符合法律规定的赔偿条件，可通过法律途径要求员工进行赔偿。
最后，需要强调的是，工厂在管理员工时，应始终遵循合法、合理、公平、公正的原则，尊重员工的权益和尊严，避免采取违法或不当的管理措施。如果员工对工厂的处罚或管理措施有异议，建议通过合法途径进行申诉或维权。