针对您提出的“借款人死亡，继承人领取了其住房公积金的款项，法院如何处理”这一问题，我将从法律流程、继承权确定、材料准备、申请提交、审核支付以及争议解决等几个方面为您详细解答。
一、法律流程概述
当借款人（即被继承人）死亡后，其住房公积金账户内的存储余额属于遗产范畴，可由继承人依法继承。继承人需遵循法定流程来领取这部分款项，该流程主要包括确定继承权、准备必要材料、向住房公积金管理中心提交申请、经过审核后完成资金支付等步骤。
二、继承权确定
遗嘱继承：
- 若被继承人生前留有遗嘱，并明确指定了住房公积金的继承人，则该继承人即为合法领取人。遗嘱需经过法定程序确认和执行，如公证或法院司法程序认定。
法定继承：
- 若无遗嘱，则按法定继承顺序确定继承人。第一顺序继承人为配偶、子女、父母；第二顺序为兄弟姐妹、祖父母、外祖父母。有第一顺序继承人时，第二顺序继承人不参与继承。同一顺序继承人继承遗产的份额一般均等。
三、材料准备
继承人需准备以下必要材料：
- 死亡证明：由公安部门或医疗卫生机构出具，证实被继承人已死亡。
- 亲属关系证明：由公安机关、街道办事处、社区或被继承人所在单位开具，证明继承人与被继承人的亲属关系。
- 继承人身份证明：提供身份证原件及复印件。
- 继承权公证（如需）：征得所有继承人同意后，到公证处办理继承权公证。
- 其他材料：包括被继承人的注销户口证明、遗产所有权证明及财产清单等。如有遗嘱，需提供遗嘱原件；如有争议，需提供司法部门出具的判决书、裁定书或调解书。
四、申请提交
继承人可选择线上或线下方式提交申请：
线上办理（如适用）：
- 通过短信验证方式登录住房公积金管理中心的微信公众号或官方网站。
- 选择死亡提取业务，录入继承人信息并上传相关档案资料影像。
- 提交申请。
线下办理：
- 携带准备好的材料到住房公积金管理中心的柜台进行审核办理。
五、审核与支付
- 审核材料：住房公积金管理中心对提交的材料进行真实性、合法性及继承人资格审核。
- 确定继承份额（如有多个继承人）：
- 继承人需协商确定各自继承份额，并提交书面协议。
- 住房公积金管理中心按协商确定的份额办理提取手续。
- 资金支付：
- 审核通过后，住房公积金管理中心将公积金账户余额及销户利息转账至继承人在缴存银行开立的个人储蓄账户。
六、法院处理与争议解决
- 法院处理原则：法院在处理此类案件时，主要依据《住房公积金管理条例》及相关法律法规，审查继承人提供的材料是否真实、合法，以及继承权是否明确。
- 争议解决：如继承人之间对住房公积金的继承存在争议，无法通过协商解决，可通过向人民法院提起诉讼的方式解决。法院将依法作出判决、裁定或调解书，继承人可凭法院的生效法律文书前往住房公积金管理中心办理领取手续。
七、注意事项
- 账户余额处理：如被继承人有住房公积金贷款未还清，应首选用于偿还剩余贷款。偿还后仍有余额的，才能办理提取手续。
- 地区差异：不同地区的具体政策和办理流程可能有所差异，继承人需按照当地住房公积金管理中心的规定办理。
- 时效性：继承人应尽快办理提取手续，避免因时间过长导致材料失效或产生其他不必要的麻烦。
综上所述，当借款人死亡后，其继承人领取住房公积金款项需严格遵循法定流程和准备必要的材料。在办理过程中，如遇争议或疑问，建议咨询当地住房公积金管理中心或专业律师以获取更准确的指导和帮助。