法院执行查封已经失效的商品房预告登记，其查封行为本身也是无效的。以下是对此问题的详细分析：
一、预告登记的法律效力与失效
预告登记，是为了保障将来实现物权，按照约定向登记机构申请的一种临时性登记。它并非正式的物权登记，而是具有一种“准物权”的效力，主要目的是限制债务人再次处分该不动产，从而保障债权人将来能够顺利实现其物权。然而，预告登记并非永久有效，其有效期通常受到法律或双方约定的限制。一旦预告登记失效，其原本所具有的“准物权”效力也随之消灭，该不动产的处分权将重新回归债务人。
二、查封行为的法律效力
查封，是法院为保障诉讼或执行程序的顺利进行，对涉案财产采取的一种强制措施。查封的效力在于限制被查封财产的处分权，防止其被转移、隐匿或毁损。然而，查封行为的有效性，必须建立在被查封财产本身具有可查封性的基础上。如果被查封的财产已经不存在（如被毁损、灭失），或者其处分权已经回归债务人（如预告登记失效），那么查封行为自然也就失去了其存在的法律基础。
三、预告登记失效后查封行为的效力
预告登记失效，查封行为无效：当商品房的预告登记失效后，该不动产的处分权将重新回归债务人。此时，如果法院再对该不动产进行查封，由于该不动产已经不再受到预告登记的限制，债务人有权对其进行处分。因此，法院的查封行为将因缺乏法律基础而无效。
查封行为无效的法律后果：如果法院执行了已经失效的预告登记的查封，那么该查封行为将被视为无效。这意味着，被查封的不动产可以重新进行处分，如转让、抵押等。同时，如果因查封行为给债务人或第三人造成损失的，法院还可能承担相应的赔偿责任。
四、实际操作中的注意事项
核实预告登记的有效性：在执行查封前，法院应当核实预告登记的有效性。如果预告登记已经失效，法院应当避免对该不动产进行查封，以免造成不必要的法律纠纷。
及时解除无效查封：如果法院已经执行了已经失效的预告登记的查封，一旦发现该查封行为无效，应当及时解除查封，恢复不动产的处分权。
赔偿损失的责任承担：如果因查封行为给债务人或第三人造成损失的，法院应当根据具体情况承担相应的赔偿责任。这既是对受损方权益的保障，也是对法院执行行为的规范和约束。
总结来说，法院执行查封已经失效的商品房预告登记，其查封行为本身是无效的。在实际操作中，法院应当严格核实预告登记的有效性，避免执行无效的查封行为，以保障当事人的合法权益。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。