针对您提出的“公司有两次补卡机会，但是还有员工因迟到不打卡应该怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，补卡机会是公司为了照顾员工可能因特殊原因（如忘记带卡、设备故障等）而无法正常打卡所提供的一种便利措施。然而，这并不意味着员工可以因此忽视打卡制度，尤其是因迟到而故意不打卡的行为。

针对这种情况，公司可以采取以下措施进行处理：

1. 加强制度宣传与教育：

   • 公司应再次明确打卡制度的重要性，以及补卡机会的使用条件和限制。
   • 通过内部培训、会议或邮件等方式，向员工普及打卡制度，强调其对于考勤管理、薪资计算等方面的影响。

2. 明确补卡规则与限制：

   • 制定或完善补卡制度，明确补卡的具体流程、条件及限制。例如，可以规定补卡仅适用于因设备故障、忘记带卡等非主观原因导致的无法打卡情况。
   • 对于因迟到而故意不打卡的行为，应明确指出其不属于补卡范围，并按照公司规定进行相应处理。

3. 实施考勤监督与奖惩机制：

   • 加强对员工考勤的监督，确保打卡数据的准确性和完整性。
   • 对于经常因迟到而不打卡的员工，可以采取警告、罚款、扣减绩效等惩罚措施。
   • 同时，对于遵守打卡制度、表现良好的员工，可以给予表彰、奖励或晋升机会等正面激励。

4. 建立沟通与反馈机制：

   • 鼓励员工对打卡制度提出意见和建议，以便公司不断完善和优化。
   • 对于员工反映的问题或困难，公司应及时给予回应和解决，增强员工的归属感和满意度。

5. 考虑技术手段辅助管理：

   • 引入先进的考勤管理系统，如指纹识别、人脸识别等生物识别技术，提高打卡的准确性和便捷性。
   • 通过系统自动记录和分析考勤数据，为管理层提供决策支持。

综上所述，针对员工因迟到而不打卡的问题，公司应通过加强制度宣传与教育、明确补卡规则与限制、实施考勤监督与奖惩机制、建立沟通与反馈机制以及考虑技术手段辅助管理等多方面的措施来加以解决。这样既能维护公司的考勤管理制度，又能促进员工的自律和积极性。