若主合同为虚假意思表示，但抵押合同是真实意思表示，一般应认定抵押合同无效，但存在特殊情形时可能认定有效。以下从不同角度进行分析：
一、一般情形：抵押合同无效
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事法律行为的有效要件包括行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律行政法规的强制性规定及不违背公序良俗。若主合同因虚假意思表示而无效，那么基于该主合同设立的抵押合同，通常也会因缺乏真实的意思表示基础而无效。
法律后果：
- 抵押合同无效后，抵押权不设立，债权人无法就抵押物优先受偿。此时，债权人可能只能依据一般债权向债务人主张权利，其债权实现的风险将显著增加。
二、特殊情形：抵押合同可能有效
抵押合同具有独立性：
- 如果抵押合同本身具有独立性，即其设立并不完全依赖于主合同的有效性，且抵押合同双方的意思表示真实、合法，那么在某些特殊情况下，抵押合同可能被认定为有效。但这需要具体的法律条款和司法实践支持，且情况较为罕见。
第三人善意取得抵押权：
- 如果抵押物已经办理了抵押登记，且第三人（如后续的买受人或抵押权人）在不知情的情况下善意取得了抵押权，那么根据善意取得制度，该第三人可能取得抵押物的抵押权。但这种情况并不改变原抵押合同因主合同虚假而无效的事实，只是第三人可能基于善意取得而获得一定的法律保护。不过，在大多数情况下，若主合同无效，善意取得抵押权的情形也较为难以成立，因为抵押权的设立通常与主合同的履行紧密相关。
三、法律建议
审查合同真实性：
- 在签订抵押合同时，务必对主合同的真实性进行严格审查，确保主合同系双方真实意思表示，避免因主合同虚假而导致抵押合同无效。
完善合同条款：
- 在抵押合同中明确约定抵押权的设立、行使及消灭等条款，确保抵押合同的独立性和可操作性。同时，可以考虑在合同中设置违约责任条款，以约束双方的行为。
及时办理抵押登记：
- 依法及时办理抵押登记手续，确保抵押权的设立和公示。这有助于增强抵押权的法律效力，降低债权实现的风险。
寻求法律帮助：
- 如果在签订或履行抵押合同过程中遇到法律问题，建议及时咨询专业律师，以便获得准确的法律意见和有效的法律帮助。
如有任何法律问题，可以直接向我咨询。我将根据你的具体情况，提供更为详细和专业的法律建议。