因病请假三个月，单位不一定能扣除年终绩效，具体需根据以下情况判断：
一、劳动合同或规章制度有明确规定
若规定合理且合法：
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了年终绩效（或年终奖）与出勤情况、病假时长等挂钩，并且这些规定已经经过了民主程序（如职工代表大会讨论通过）且向员工进行了公示，那么在这些规定不违反法律法规强制性规定的前提下，单位可以按照约定执行。例如，若规定“年度累计病假超过两个月则不发放年终绩效”，且该规定合法合理，那么员工请病假三个月，单位可能依据此规定不发放年终绩效。
若规定不合理或违法：
- 如果规章制度中的规定过于苛刻、不合理，或者违反了法律法规的强制性规定（如过度限制劳动者权利、侵犯劳动者合法权益等），那么这些规定将不被法律支持。单位不能仅凭这些不合理或违法的规定来扣除员工的年终绩效。
二、没有相关规定的情况
公平合理原则：
- 在劳动合同和规章制度均未对年终绩效与病假关系作出明确规定的情况下，应从公平合理的角度出发。如果员工请病假三个月，但在其他工作时间内正常履行了工作职责，为公司创造了价值，那么员工应有权获得适当的年终绩效。法院或劳动仲裁机构在审理此类纠纷时，也会综合考虑员工的工作表现、贡献程度等因素来判定。
企业自主经营权：
- 用人单位享有一定的自主决定奖金（包括年终绩效）发放的权利。如果用人单位以经营效益不佳、整体奖金发放政策调整等合理理由决定不发放请病假员工的年终绩效，并能提供合理说明和相关证据，这种做法可能被认可。但是，用人单位不能仅仅因员工请病假而随意剥夺其获得年终绩效的机会，否则可能被认定为不合理。
三、法律层面的考量
年终绩效的非法定性：
- 年终绩效并非法定福利，法律并未强制要求用人单位必须发放。因此，在用人单位规章制度和劳动合同均没有明确规定的情况下，用人单位有权自主决定是否发放年终绩效。
制度执行的合法性：
- 如果用人单位已经建立了年终绩效制度，并且员工符合发放条件（包括未因请病假而被明确排除在外），则用人单位应当按照制度规定发放年终绩效，不得随意取消或扣减。否则，可能构成对员工劳动报酬权的侵害。
四、建议与行动
对于员工：在请病假前，建议详细了解并遵守单位的规章制度中关于年终绩效的规定。如果发现自己的权益受到侵害（如单位无正当理由扣除年终绩效），可以先与单位进行协商沟通；若协商不成，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
对于单位：建议在制定规章制度时明确年终绩效的发放条件和扣除标准，并确保这些内容合法、合理、透明。同时，应加强对员工的宣传和培训，让员工了解并遵守相关规定，以减少不必要的纠纷。
总结来说，因病请假三个月能否扣除年终绩效，需根据劳动合同、规章制度、法律层面以及公平合理原则等多个因素进行综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。