当公司不承认与员工的劳动关系时，员工并非束手无策，可以通过以下途径来维护自己的合法权益：

一、收集并保留相关证据

首先，员工应尽可能全面地收集能证明劳动关系的证据材料。这些证据在后续的法律程序中具有至关重要的证明作用。具体包括但不限于：

1. 劳动合同：这是最直接且有力的证据，若已签订，务必妥善保管。
2. 工资支付凭证或记录：如银行工资流水明细、工资条等，显示公司定期向员工支付工资的记录。
3. 工作证、服务证等证件：带有公司名称、员工照片、职务等信息的工作身份证明。
4. 考勤记录：打卡记录、指纹考勤记录等，证明员工在公司的出勤情况。
5. 社保缴纳记录：社保部门出具的社保缴纳明细，显示公司为员工缴纳社会保险的情况。
6. 其他员工的证言：同事的证人证言，最好能有出庭作证以增强证明力。
7. 工作相关文件：公司内部的工作安排文件、任务分配邮件、业务合同等，体现员工参与工作的内容。

二、向劳动监察部门投诉

员工可以携带收集到的证据材料，向当地劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对公司进行调查，要求公司提供相关资料，核实双方是否存在劳动关系。如果确认存在劳动关系，劳动监察部门可以责令公司改正其不承认劳动关系的错误行为，并依法对公司进行处罚。

三、申请劳动仲裁

如果劳动监察部门的处理未能达到预期效果，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求确认与公司存在劳动关系。具体步骤如下：

1. 准备仲裁申请材料：包括仲裁申请书、身份证明、证据材料、授权委托书（如有代理）等。
2. 提交申请：将材料提交至有管辖权的劳动争议仲裁委员会，通常为劳动合同履行地或用人单位所在地的仲裁委员会。
3. 参与仲裁审理：在庭审过程中，按照仲裁员的指引陈述事实、出示证据，并对公司的观点和证据进行答辩。等待仲裁员根据双方证据和庭审情况做出裁决。

四、提起诉讼

如果员工对仲裁结果不满意，或者公司对仲裁结果不服向法院起诉，案件将进入诉讼程序。在法院审理过程中，双方可以进一步提交证据、进行辩论。法院会依据更严格的证据规则和法律规定，对劳动关系是否存在作出最终的判决。

五、寻求法律援助

在整个维权过程中，员工可以寻求我的帮助，以确保自己的权益得到充分保护。我可以提供专业的法律意见，帮助员工进行证据的收集、整理和筛选，确保证据链条完整有效，并指导员工更好地理解和应对法律程序。

六、特别注意时效问题

根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动仲裁的时效为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，员工在维权过程中务必注意时效问题，及时采取行动以维护自己的合法权益。

总结与建议：面对公司不承认劳动关系的情况，员工应保持冷静和理智，按照上述步骤逐步推进。首先收集并保留相关证据，然后向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，必要时提起诉讼。同时，寻求法律援助以确保自己的权益得到充分保护。在整个过程中，注意时效问题，确保在法律规定的期限内采取行动。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。