结论前置：在劳动仲裁申请中，若遇到法定代表人与实际控制人不一致的情况，您需要在仲裁申请书中明确区分两者身份，并准确阐述与案件相关的法律事实及请求。以下是具体撰写建议：
明确申请人、被申请人信息：
- 在“申请人”部分，填写您的个人信息，包括姓名、性别、年龄、身份证号、联系电话及地址等。
- 在“被申请人”部分，首先填写公司名称（即营业执照上登记的名称），并注明其法定代表人姓名及职务。随后，在事实与理由部分或特别说明中，可提及实际控制人的情况，包括其姓名、身份（如实际控制人、大股东等）及与公司的关系，但需注意，除非实际控制人直接参与劳动争议相关行为，否则一般不将其列为被申请人。
阐述事实与理由：
- 详细描述您与被申请人（公司）之间的劳动关系建立、履行过程，包括入职时间、岗位、工资待遇、合同签订情况等。
- 重点说明导致劳动争议的具体事件或行为，如未支付工资、违法解除劳动合同等，并指出这些行为是由公司（通过其法定代表人或授权代表）实施的。
- 若实际控制人在争议中扮演了关键角色（如直接指示违法解除、拖欠工资等），可在事实部分简要提及，但需明确责任主体仍为公司，除非有证据证明实际控制人个人应承担责任。
提出仲裁请求：
- 根据争议内容，明确提出您的仲裁请求，如要求支付拖欠的工资、经济补偿金、赔偿金等。
- 请求事项应具体、明确，并附上相应的计算依据或标准。
证据清单：
- 列出您将提交的所有证据材料，包括但不限于劳动合同、工资条、银行转账记录、解除劳动合同通知、与实际控制人或公司代表的沟通记录等。
- 对于能证明实际控制人参与争议行为的证据，应特别标注并说明其证明目的。
注意事项：
- 仲裁申请书应语言简洁、条理清晰，避免使用过于复杂或专业的法律术语，以确保仲裁员能够轻松理解。
- 提交前务必仔细核对所有信息，确保无误。
- 如有需要，可附上相关法律法规条文或司法解释，以支持您的仲裁请求。
示例段落（关于实际控制人的提及）：
“…另查，被申请人公司虽登记法定代表人为XXX，但实际控制人为YYY，其在本次劳动争议中直接指示了违法解除申请人劳动合同的行为（如有证据支持）。然而，鉴于劳动争议的相对方为用人单位即被申请人公司，故本请求仍针对被申请人公司提出，但保留对实际控制人YYY追究个人责任的权利（如有必要且证据充分）。”
请根据实际情况调整上述内容，并确保所有陈述均基于真实事实和有效证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。