核心结论：公司扣发一年工资并在第二年开除员工，赔偿金额的计算需结合工资拖欠赔偿与违法解除劳动合同赔偿两方面，具体如下：

1. 工资拖欠赔偿
   根据《劳动合同法》第三十八条、第八十五条，用人单位未及时足额支付劳动报酬的，劳动者可解除劳动合同，并要求用人单位按应付金额的50%-100%加付赔偿金（需以劳动行政部门责令限期支付为前提）。若未经过行政程序，劳动者可直接主张拖欠的工资本金及利息（按同期银行贷款利率计算）。
   计算方式：拖欠工资总额 = 月工资 × 12个月 + 利息（或50%-100%赔偿金，若符合行政程序条件）。

2. 违法解除劳动合同赔偿
   若公司开除员工无合法理由（如不符合《劳动合同法》第三十九条、第四十条规定的情形），则构成违法解除，需支付赔偿金。
   计算方式：赔偿金 = 经济补偿标准 × 2倍。其中，经济补偿按劳动者在本单位工作年限计算，每满1年支付1个月工资；6个月以上不满1年的，按1年计算；不满6个月的，支付半个月工资。
   示例：若员工工作2年，月工资为1万元，则赔偿金 = 1万元 × 2年 × 2 = 4万元。

3. 综合赔偿金额
   最终赔偿金额 = 拖欠工资总额（本金+利息/赔偿金） + 违法解除赔偿金。
   注意：若公司扣发工资与开除行为存在关联性（如以拖欠工资迫使员工离职），可能被认定为恶意违法，赔偿金额可能更高。

行动建议：

• 立即收集证据（劳动合同、工资条、考勤记录、开除通知等）；
  
• 向劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁，主张工资及赔偿；
  
• 若对仲裁结果不服，可在15日内向法院起诉。
  

如有进一步细节需补充（如工资标准、开除理由等），可直接向我咨询。