结论前置：

1. 若公司扣工资，员工有权要求公司补发工资并可能获得赔偿。
2. 员工应首先与公司协商，协商不成可申请劳动仲裁，对仲裁结果不服可提起诉讼。

详细分析：

首先，我们需要明确的是，员工与公司之间的劳动关系受《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》等法律法规的保护。当员工合同到期但一直继续上班，且公司未提出异议时，双方实际上形成了事实上的劳动关系。

针对公司扣工资的情况：

1. 公司无权随意扣工资：

   • 根据《劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”因此，公司无权随意扣减员工的工资。

2. 员工有权要求补发工资：

   • 如果公司扣除了员工的工资，员工有权要求公司补发被扣的工资。这是员工的合法权益，受法律保护。

3. 员工可能获得赔偿：

   • 如果公司扣工资的行为违反了法律法规，员工除了要求补发工资外，还可能根据具体情况获得相应的赔偿。例如，如果公司扣工资导致员工生活困难或造成其他损失，员工可以要求公司进行赔偿。

针对员工应如何维权：

1. 与公司协商：

   • 员工首先可以尝试与公司进行协商，要求公司补发工资并停止扣工资的行为。这是最直接、最快捷的解决方式。

2. 申请劳动仲裁：

   • 如果协商不成，员工可以向当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁。劳动仲裁机构会依法进行调解或裁决，保护员工的合法权益。

3. 提起诉讼：

   • 如果对劳动仲裁结果不服，员工还可以向人民法院提起诉讼。法院会依法进行审理并作出判决，确保员工的合法权益得到维护。

额外建议：

• 保留证据：员工在维权过程中应保留好相关证据，如工资条、银行转账记录、与公司沟通的记录等。这些证据将有助于员工证明自己的权益受到侵害。
• 及时咨询：如果员工在维权过程中遇到困难或不确定如何操作，可以及时向我这样的专业律师咨询。我会根据具体情况提供法律建议和帮助。

综上所述，如果公司扣工资，员工有权要求公司补发工资并可能获得赔偿。员工应首先与公司协商，协商不成可申请劳动仲裁，对仲裁结果不服可提起诉讼。在维权过程中，员工应保留好相关证据并及时咨询专业律师。