三方协议本身通常不能直接进行劳动仲裁，但在特定情况下，若涉及劳动权利义务的履行且争议本质为劳动争议，可以申请劳动仲裁。以下是对此问题的详细分析：

一、三方协议的性质与目的

三方协议是毕业生、用人单位和学校三方在毕业生就业过程中签订的协议，它主要明确了各方在就业过程中的权利和义务，如毕业生到用人单位工作的意向、用人单位接收毕业生的承诺以及学校的派遣责任等。从法律性质上看，三方协议更偏向于民事合同，它侧重于就业意向的确定和相关安排，而非直接规范劳动关系中的权利义务。

二、劳动仲裁的适用范围

劳动仲裁主要适用于劳动者与用人单位之间因劳动关系产生的争议，这些争议包括但不限于劳动关系确认、劳动合同的订立与履行、劳动报酬、工作时间与休息休假、社会保险与福利等方面的纠纷。劳动仲裁是解决劳动争议的一种法定方式，具有强制性和专业性。

三、特定情况下可申请劳动仲裁的情形

1. 协议包含劳动权利义务条款：

   • 如果三方协议中包含了一些具有劳动权利义务性质的条款，如明确约定了工资待遇、工作岗位、工作时间等具体劳动条件，并且在后续的履行过程中，双方已经按照这些条款实际履行了劳动相关的权利义务，那么在这种情况下，三方协议可以被视为具有一定的劳动合同性质。
   • 当三方协议履行过程中产生的争议，其本质是劳动争议，即涉及到劳动者的劳动报酬、劳动条件、劳动保护等与劳动关系密切相关的核心问题时，劳动者可以依法申请劳动仲裁。

2. 协议中有明确的仲裁条款：

   • 如果三方协议中明确约定了劳动争议解决方式为仲裁，且该条款符合法律规定，那么在协议约定的争议解决方式下，劳动者也可以申请仲裁。

四、申请劳动仲裁的注意事项

1. 证据准备：

   • 劳动者在申请劳动仲裁时，需要提供相关的证据，如三方协议、工资支付凭证、工作证明等，以证明自己的主张。这些证据应当真实、合法、有效，能够充分支持劳动者的仲裁请求。

2. 申请时效：

   • 劳动者要注意劳动仲裁的申请时效，一般为自当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起一年内提出。如果超过了这个时效期间，劳动者可能会丧失申请劳动仲裁的权利。

五、其他解决方式

对于因三方协议产生的争议，如果无法通过协商解决，且不符合劳动仲裁的受理条件，当事人可以依据《中华人民共和国民法典》等相关法律规定，通过民事诉讼等方式来解决争议。在选择解决方式时，应综合考虑争议的性质、金额大小、时间成本等因素。

建议：在处理因三方协议产生的争议时，劳动者应首先仔细审查协议内容，明确争议的性质和法律依据。如果争议涉及劳动权利义务的履行且本质为劳动争议，或者协议中有明确的仲裁条款且符合法律规定，那么可以依法申请劳动仲裁。如果无法通过协商或仲裁解决争议，可以考虑通过民事诉讼等方式来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。