在劳动仲裁中，若遇到两个制度处罚标准不一致的情况，应以法律效力更高或更具体的制度规定为准。以下是对此问题的详细分析：
一、法律效力优先原则
法律法规优先：在劳动仲裁中，首先应当遵循的是国家法律法规。如果两个制度中，一个是法律法规，另一个是单位内部规章制度或行业规范，那么应当以法律法规为准。因为法律法规具有更高的法律效力，是处理劳动争议的基本依据。
上位法优于下位法：如果两个制度都是法律法规，但属于不同层级，如法律与行政法规、地方性法规等，那么应当遵循上位法优于下位法的原则。即，法律效力更高的规定应当优先适用。
二、具体规定优先原则
特别规定优于一般规定：在劳动仲裁中，如果两个制度都是有效的，但一个是对特定事项的特别规定，另一个是对一般事项的规定，那么应当遵循特别规定优于一般规定的原则。即，针对特定事项的处罚标准应当优先适用。
新规定优于旧规定：如果两个制度都是针对同一事项的规定，但一个是新规定，一个是旧规定，那么应当遵循新规定优于旧规定的原则。因为新规定通常反映了最新的法律政策和社会需求，更具有时效性和针对性。
三、实际操作建议
仔细审查制度内容：在劳动仲裁过程中，仲裁机构或当事人应当仔细审查两个制度的具体内容，包括其法律效力、适用范围、处罚标准等，以确定哪个制度应当优先适用。
参考相关案例：在处理类似案件时，可以参考以往的相关案例，了解类似情况下仲裁机构或法院是如何处理的，这有助于更准确地把握法律适用原则。
咨询专业律师：如果对两个制度的处罚标准存在疑问或争议，建议咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供法律意见，帮助当事人更好地维护自己的合法权益。
举例说明：假设某公司内部规章制度规定，员工迟到一次罚款50元；而当地的地方性法规规定，用人单位不得以罚款形式处罚员工。在这种情况下，由于地方性法规具有更高的法律效力，且明确禁止了罚款行为，因此应当以地方性法规为准，公司不得对员工进行罚款处罚。
综上所述，在劳动仲裁中遇到两个制度处罚标准不一致的情况时，应以法律效力更高或更具体的制度规定为准。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。