公司是否会输，不能一概而论，需要结合具体情况分析。以下从不同角度为你详细阐述：
法律对劳动合同形式的要求
根据《中华人民共和国劳动合同法》规定，劳动合同应当采用书面形式。书面形式通常指的是纸质原件，上面盖有公司公章和员工签字，这样的合同在法律上具有最高的证明力。不过，法律并未明确排除扫描件等电子形式的证据效力，只是其证明力相对较弱。
扫描件劳动合同的证明力
认可情况：
- 如果员工在仲裁或诉讼过程中，承认扫描件劳动合同上的签字是其本人所签，且合同内容真实反映了双方的权利义务，那么扫描件劳动合同是可以作为有效证据使用的。此时，公司不太可能因为仅提供扫描件而输掉官司。
不认可情况：
- 如果员工坚决否认扫描件劳动合同上的签字是其本人所签，或者对合同内容提出异议，那么扫描件劳动合同的证明力就会大打折扣。在这种情况下，公司需要提供其他证据来佐证扫描件的真实性，比如签订合同时的录音录像、其他员工的证言等。如果公司无法提供足够的证据，那么仲裁机构或法院可能会倾向于采纳员工的陈述，公司可能会因此输掉官司。
公司的举证责任
在劳动纠纷中，公司作为用人单位，通常需要承担更多的举证责任。如果公司仅提供扫描件劳动合同，而员工不认可，公司需要证明扫描件的真实性和合法性。这可能需要公司进行笔迹鉴定、提供签订合同时的相关证据等。如果公司无法完成举证责任，那么可能会承担不利的法律后果。
应对建议
对于公司：
- 在签订劳动合同时，最好使用纸质原件，并确保员工签字和公司盖章的真实性和合法性。
- 如果确实需要使用电子形式（如扫描件）保存合同，建议同时保存签订合同时的录音录像、电子邮件等证据，以备不时之需。
- 在发生劳动纠纷时，及时咨询专业律师，制定合理的诉讼策略。
对于员工：
- 在签订劳动合同时，务必仔细阅读合同内容，确保自己的权益得到保障。
- 如果对扫描件劳动合同有异议，可以及时向公司提出，并要求公司提供纸质原件或其他证据。
- 在发生劳动纠纷时，也可以寻求专业律师的帮助，维护自己的合法权益。
如果有任何劳动纠纷方面的疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。