对于员工故意隐瞒违法事实的处理，应依据具体情形结合公司规章制度及法律规定采取相应措施。以下是对此问题的详细分析：

一. 依据公司规章制度处理

1. 内部调查：首先，公司应进行内部调查，确认员工是否存在故意隐瞒违法事实的行为。这通常涉及对相关证据的收集和分析，如邮件、聊天记录、工作报告等。
2. 规章制度依据：若公司规章制度中明确规定了员工不得隐瞒违法事实，且对违反此规定的行为有相应的处罚措施，如警告、罚款、解除劳动合同等，则公司可依据规章制度对员工进行处理。

• 例如，某公司《员工手册》规定：“员工应诚实守信，不得隐瞒或谎报与工作有关的事实。违反此规定者，公司将视情节轻重给予警告、罚款或解除劳动合同等处罚。”

二. 依据法律规定处理

1. 劳动法依据：根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，员工严重违反劳动纪律或用人单位规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。若员工的隐瞒行为构成严重违反劳动纪律或规章制度，且公司规章制度或劳动合同中有相关规定，公司可依法解除劳动合同。
2. 可能涉及的法律责任：若员工的隐瞒行为导致公司遭受损失，公司还有权要求员工承担赔偿责任。此外，若员工的隐瞒行为涉及刑事犯罪，如诈骗、贪污等，公司还应依法向公安机关报案，追究员工的刑事责任。

三. 处理建议

1. 及时沟通：在发现员工隐瞒违法事实后，公司应及时与员工进行沟通，了解其隐瞒的原因和动机，并告知其隐瞒行为的严重后果。
2. 依法依规处理：公司应严格按照公司规章制度和法律规定处理员工的隐瞒行为，确保处理过程的公正性和合法性。
3. 预防措施：为避免类似情况再次发生，公司应加强对员工的法治教育和职业道德培训，提高员工的法律意识和职业道德水平。

我建议，公司在处理员工故意隐瞒违法事实时，应综合考虑公司规章制度、法律规定以及员工的实际情况，采取合法、合理、公正的处理措施。同时，公司也应加强内部管理，完善规章制度，预防类似问题的发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。