市场监管总局在免于处罚的情况下，一般不得没收违法所得，但存在例外情形。以下是对此问题的详细分析：

一、一般原则：免罚情形下不得没收违法所得

根据《行政处罚法》第三十三条，市场监管领域确立了三类免罚情形：

1. 轻微不罚：即违法行为轻微且及时改正，没有造成危害后果的，不予行政处罚。
2. 无过错不罚：即有证据证明没有主观过错的，不予行政处罚。
3. 首违不罚：即初次违法且危害后果轻微，及时改正的，不予行政处罚。

在上述免罚情形下，由于《行政处罚法》第三十三条未明确授权没收违法所得，且“免罚”指向的是《行政处罚法》第八条所列处罚种类（含没收违法所得），因此系统解释下应排除违法所得没收。这意味着，在一般情况下，市场监管总局在免于处罚的同时，不得没收违法所得。

二、例外情形：特别法明确要求没收的除外

尽管存在上述一般原则，但如果特别法明确要求没收违法所得，则市场监管总局在免于处罚的同时，仍需没收违法所得。例如：

• 《药品管理法实施条例》第七十五条规定，药品经营企业、医疗机构未违反《药品管理法》和本条例的有关规定，并有充分证据证明其不知道所销售或者使用的药品是假药、劣药的，应当没收其销售或者使用的假药、劣药和违法所得；但是，可以免除其他行政处罚。这一条款明确规定了即使免除其他行政处罚，仍需没收违法所得。

三、市场监管领域特别法的差异化处理

在市场监管领域，不同特别法对免罚范围的规定存在差异。例如：

1. 《食品安全法》第一百三十六条规定，食品经营者履行了进货查验等义务，有充分证据证明其不知道所采购的食品不符合食品安全标准，并能如实说明其进货来源的，可以免予处罚，但应没收不符合食品安全标准的食品。根据总局执法稽查局2021年复函及司法判例，符合该条款时仅没收涉案食品，不得没收违法所得。
2. 《商标法》第六十条第二款及《医疗器械监督管理条例》第六十六条等条款，未明确免罚时是否没收违法所得，此时同样适用不予没收违法所得的原则。

四、操作建议

对于市场监管总局而言，在处理免于处罚的案件时，应优先检索特别法对免罚范围的规定。如果特别法无规定，则适用《行政处罚法》第三十三条免罚制度，且不得没收违法所得。如果特别法有明确规定，则需按照特别法的规定执行。

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