结论：在原单位工作但将证书挂靠在外公司，这一行为本身通常不会直接影响你在原单位的劳动仲裁案件结果，但可能引发其他法律问题或对仲裁产生间接影响。具体影响需结合挂靠行为的性质、原单位的主张及证据等因素综合判断。以下从不同角度详细分析：

一、挂靠行为对劳动仲裁的直接影响

1. 仲裁请求无关性：
   若你的劳动仲裁请求仅涉及原单位（如拖欠工资、违法解除、未签合同双倍工资等），且挂靠行为与这些请求无直接关联（如未使用原单位资源、未损害原单位利益），则挂靠行为通常不会成为仲裁裁决的直接依据。仲裁庭会聚焦于你与原单位之间的劳动法律关系。

2. 例外情形：
   若原单位主张你因挂靠行为违反了公司规章制度（如《员工手册》中明确禁止兼职或挂靠），且能证明该制度已向你告知并合法有效，则可能影响仲裁结果。例如，若原单位以“严重违反规章制度”为由解除劳动合同，仲裁庭可能认定解除合法。

二、挂靠行为可能引发的间接影响

1. 诚信问题争议：
   原单位可能主张你存在“不诚信行为”，试图削弱你的可信度。但仲裁庭通常以事实为依据，若你无其他过错（如虚构工作经历、泄露商业秘密），仅挂靠行为本身难以直接导致仲裁败诉。

2. 经济利益冲突：
   若挂靠行为涉及经济利益（如外公司支付挂靠费），且原单位能证明该利益与你履行原单位职责存在冲突（如影响工作效率、泄露原单位信息），可能成为原单位抗辩的理由。但需原单位提供充分证据。

3. 行业规范与行政处罚：
   部分行业（如建筑、医疗）对证书挂靠有严格限制，可能面临行政处罚（如吊销证书、罚款）。若原单位以此为由主张你“不适合继续履行劳动合同”，需结合行业规定及你实际职责判断。

三、法律建议与风险提示

1. 证据保留：
   若原单位在仲裁中提及挂靠行为，需准备反驳证据（如挂靠协议未影响原单位工作、未泄露信息等）。同时，保留原单位违法行为的证据（如工资条、解除通知）。

2. 合规性审查：
   检查挂靠行为是否违反行业规定或法律法规。若存在合规风险，建议提前处理（如解除挂靠关系），避免仲裁中被动。

3. 仲裁策略调整：
   若挂靠行为可能成为争议焦点，可在仲裁申请中主动说明情况（如挂靠目的、未损害原单位利益），降低仲裁庭对你不利的推断。

四、典型案例参考

• 案例1：员工挂靠证书在外公司，但未影响原单位工作，仲裁庭未采纳原单位“违反规章制度”的主张，支持员工索赔工资。
  
• 案例2：员工挂靠证书且泄露原单位技术秘密，仲裁庭认定构成重大过错，驳回员工索赔请求。

总结：挂靠行为对劳动仲裁的影响需结合具体案情判断。若你希望进一步分析个案风险或制定仲裁策略，可以直接向我咨询，我会结合你的实际情况提供更具体的建议。