用人单位和学生签订的两方协议，在符合法律规定且双方意思表示真实的情况下，是有效的。以下从不同角度为您详细分析：
一、协议有效性的一般原则
意思表示真实：协议双方（用人单位和学生）在签订协议时，必须基于真实的意思表示，不存在欺诈、胁迫等情形。这是协议有效的基本前提。
不违反法律强制性规定：协议内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，否则该部分或全部协议可能被认定为无效。例如，协议中不能包含违反劳动法、教育法等相关法律法规的条款。
不违背公序良俗：协议内容应符合社会公德和公共秩序，不得违背公序良俗。
二、两方协议与劳动合同的区别及有效性
主体差异：两方协议通常仅涉及用人单位和学生双方，而劳动合同则涉及用人单位、劳动者（可能包括学生，但学生身份需符合劳动法规定的劳动者条件）以及可能的劳动行政部门（在备案或监管层面）。不过，这并不影响两方协议在双方之间的有效性。
内容差异：两方协议可能更侧重于约定双方的权利义务、实习或工作期限、待遇等，而劳动合同则需遵循劳动法的规定，包含更全面的条款，如工作时间、休息休假、社会保险等。但两方协议只要不违反劳动法的强制性规定，其约定内容仍然是有效的。
法律效力：在符合上述有效性原则的情况下，两方协议对双方具有法律约束力。如果一方违反协议约定，另一方有权依法追究其违约责任。
三、特殊情况下的协议有效性
学生身份问题：如果学生尚未毕业，且以实习身份与用人单位签订协议，那么该协议可能被视为实习协议。在这种情况下，只要协议内容合法、双方意思表示真实，协议仍然是有效的。但需要注意的是，实习协议与劳动合同在法律性质上有所不同，实习生的权益保护可能不如正式劳动者全面。
协议内容违法：如果协议中包含违反法律、行政法规的强制性规定（如约定超长工作时间、不支付劳动报酬等），则该部分或全部协议可能被认定为无效。
四、建议与注意事项
明确协议性质：在签订协议前，双方应明确协议的性质（是实习协议、就业协议还是其他），并了解相应法律法规的规定。
仔细阅读协议条款：双方在签订协议前，应仔细阅读协议条款，确保理解并同意其中的内容。如有疑问或不明之处，应及时向对方或专业人士咨询。
保留证据：双方在签订和履行协议过程中，应保留相关证据（如协议文本、沟通记录等），以备不时之需。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供更详细、更专业的法律建议。