针对单位与员工签订经济补偿金协议但未履行的情况，劳动者既可以选择劳动仲裁，也可以选择法院起诉，但通常需遵循劳动仲裁前置的原则。以下是对此问题的详细分析：
一、劳动仲裁途径
适用场景：
- 当经济补偿金协议是基于劳动关系产生时，如用人单位与劳动者在解除劳动合同时就经济补偿金的数额、支付方式等达成协议后又出现争议，此类情况属于劳动争议范畴。
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，因劳动报酬、经济补偿等发生的争议适用该法，因此应先申请劳动仲裁。
程序要求：
- 劳动者需先向劳动仲裁机构提交申请，并按照规定提交相关证据材料，如经济补偿金协议、未履行的证明等。
- 劳动仲裁机构将依法进行审理，并作出裁决。如对仲裁结果不服，劳动者可在收到裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。
优势：
- 劳动仲裁程序简便快捷，费用较低。
- 仲裁员熟悉劳动法律法规，有利于高效解决纠纷。
- 裁决结果具有法律效力，是后续诉讼的基础。
二、法院起诉途径
适用场景：
- 对劳动仲裁结果不服，依法向人民法院提起诉讼。
- 如果经济补偿金协议不是基于劳动关系产生，而是平等主体之间（如普通的合同关系）约定的类似经济补偿性质的协议，且该争议不属于劳动争议范畴，那么劳动者可直接向有管辖权的人民法院提起民事诉讼。
- 协议存在欺诈、胁迫、重大误解等法定可撤销情形，或内容违反法律法规强制性规定，劳动者可在法定期间内请求法院撤销协议，并提起诉讼要求履行或赔偿。
程序要求：
- 提起民事诉讼前，需确保已履行必要的前置程序（如劳动仲裁，除非协议非基于劳动关系）。
- 诉讼过程中，需充分举证证明自己的主张，如协议内容、未履行的事实、造成的损失等，以支持诉讼请求。
优势：
- 法院的裁判具有最终的法律效力，执行力度强。
- 审理程序规范严谨，对复杂法律问题的审理和认定更具权威性。
三、选择建议
首选仲裁：
- 对于基于劳动关系的经济补偿金纠纷，由于仲裁程序的优势（如程序简单、处理速度快、费用低等），通常建议劳动者首选仲裁方式解决争议。
根据实际情况选择：
- 如果劳动者对仲裁结果有强烈的不满或认为仲裁无法公正解决争议，那么可以选择向法院提起诉讼。
- 如果经济补偿金协议非基于劳动关系，那么劳动者可直接向法院提起民事诉讼。
四、注意事项
- 在签订经济补偿金协议时，应确保协议内容合法有效，明确双方的权利和义务，避免陷入欺诈、胁迫等不利境地。
- 如发现用人单位存在未依法足额支付补偿金等违法情况，劳动者应及时采取行动，维护自己的合法权益。
综上所述，针对单位与员工签订经济补偿金协议但未履行的情况，劳动者应根据协议的性质和实际情况选择合适的纠纷处理方式。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。