核心结论：在员工医疗期结束未配合公司劳动能力鉴定的情况下，公司可通过收集员工拒绝配合的证据、依据规章制度认定违纪、履行通知与告知义务以及留存沟通记录等方式来证明员工违纪。以下为详细分析：

1. 收集员工拒绝配合的证据：

   • 公司应首先确保已向员工发出进行劳动能力鉴定的正式通知，该通知应明确鉴定时间、地点、所需材料以及不配合的后果。
   • 若员工明确拒绝或未在规定时间内响应，公司应通过书面形式（如邮件、信函）再次催促，并保留这些沟通记录作为证据。
   • 若可能，公司可要求员工签署拒绝配合劳动能力鉴定的书面声明，或通过录音、录像等方式记录员工的拒绝行为。

2. 依据公司规章制度认定违纪：

   • 公司应确保其规章制度中明确规定了员工在医疗期结束后有义务配合公司进行劳动能力鉴定，以及不配合将视为违纪行为。
   • 规章制度应经过民主程序制定，并已向员工公示或告知，以确保其法律效力。
   • 在认定员工违纪时，公司应依据规章制度中的具体条款，结合员工拒绝配合的事实，作出合理的违纪认定。

3. 履行通知与告知义务：

   • 在认定员工违纪前，公司应确保已向员工充分告知其不配合劳动能力鉴定的后果，包括可能面临的纪律处分。
   • 告知方式应正式且可追溯，如通过书面通知、邮件或员工签收的告知书等形式。

4. 留存沟通与处理记录：

   • 公司应详细记录与员工就劳动能力鉴定事宜的所有沟通，包括通知、催促、员工回应等。
   • 若公司决定对员工进行纪律处分，应确保处分决定书明确、具体，并注明处分依据和理由。
   • 所有记录应妥善保存，以备未来可能出现的劳动争议或法律诉讼。

特殊情况处理：

• 若员工因特殊原因（如严重疾病、意外事件等）无法配合劳动能力鉴定，公司应考虑给予合理的宽限期或提供必要的协助。
• 在处理此类情况时，公司应保持与员工的良好沟通，避免因处理不当而引发劳动争议。

风险提示：

• 公司在处理员工未配合劳动能力鉴定的问题时，应确保所有行为均符合法律法规和公司规章制度的要求。
• 避免因处理不当而侵犯员工的合法权益，如未经合法程序擅自解除劳动合同等。

如有进一步疑问或需要具体的法律指导，请直接向我咨询。