当遇到员工不配合进行劳动能力鉴定的情况时，用人单位和相关部门需要采取一系列合法且有效的措施来应对，以确保工伤处理的公正性和顺利进行，同时维护双方的合法权益。以下是对此问题的详细分析和建议：

一、沟通解释与了解原因

首先，用人单位、工会组织或社保经办机构应与员工进行深入的沟通，详细解释劳动能力鉴定的目的、流程以及它对确定工伤保险待遇的重要性。通过沟通，了解员工不配合的具体原因，可能是对鉴定流程的误解、对鉴定结果的担忧，或是存在身体或心理上的困难。针对这些原因，进行有针对性的疏导和解决，以消除员工的顾虑。

二、书面催告与保留证据

如果沟通后员工仍然不配合，用人单位应向员工发送书面催告函。在催告函中，明确告知员工配合劳动能力鉴定是其法律义务，以及不配合可能带来的不利后果，如影响工伤保险待遇的确定和支付。同时，务必保留好催告的相关证据，如快递回执、谈话记录等，以备后续需要。

三、依据规定处理

根据《工伤保险条例》等相关法律法规，如果工伤员工无正当理由拒绝接受劳动能力鉴定，将停止其享受工伤保险待遇。但一旦员工重新接受鉴定，工伤保险待遇将恢复支付。此外，用人单位也可以自行向劳动保障行政部门申请工伤认定，并提交相关证据材料，以推动工伤处理的进程。

四、请求调查核实

如果员工因主观原因仍然不配合，用人单位可以向工伤认定机构书面说明情况，请求其依职权进行调查核实。工伤认定部门有权根据调查情况作出认定结论，这有助于确保工伤处理的公正性和准确性。

五、法律后果与风险提示

员工不配合劳动能力鉴定可能会带来一系列法律后果，包括影响工伤认定、暂停工伤保险待遇等。此外，超过规定期限未进行鉴定可能导致法律程序的延误，增加维权的难度。因此，用人单位应向员工明确这些法律后果，以促使其积极配合鉴定工作。

六、综合建议

1. 加强宣传教育：通过培训、宣传等方式，提高员工对劳动能力鉴定的认识和重视程度。
2. 建立沟通机制：与员工建立定期的沟通机制，及时了解其需求和困难，提供必要的帮助和支持。
3. 寻求专业协助：在处理复杂或疑难的工伤案件时，可以寻求专业律师或法律机构的协助，以确保处理的合法性和有效性。

综上所述，面对员工不配合劳动能力鉴定的情况，用人单位应积极采取沟通、告知、申请等措施，并依法保留相关证据以维护自身和员工的合法权益。同时，员工也应充分认识到配合鉴定的重要性，以免因自身行为导致不利后果。