结论：关于法定节假日值班后休假一天扣一天工资是否违法的问题，不能一概而论，需结合具体情况和法律规定来判断。
一、法定节假日的工资支付规定
根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
- 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
- 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
- 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
从这一规定可以看出，法定节假日是劳动者的休息日，如果用人单位安排劳动者在法定节假日工作，应当支付不低于工资的百分之三百的工资报酬，而不是通过安排补休来替代。
二、关于值班后休假一天扣一天工资的分析
如果值班属于法定节假日工作：
- 根据上述法律规定，用人单位应当支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
- 如果用人单位在支付了法定节假日的工资报酬后，又以休假一天为由扣除一天的工资，这实际上是对劳动者法定节假日工资的重复扣除，是违法的。
如果值班不属于法定节假日工作，而是正常工作日的值班：
- 这种情况下，值班可能被视为正常工作的一部分，但具体是否应支付额外工资或安排补休，需根据劳动合同、公司规章制度或相关法律法规来确定。
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了值班应支付额外工资或安排补休，而用人单位未遵守，则可能构成违法。
- 然而，如果值班被视为正常工作的一部分，且用人单位已经按照正常工资标准支付了工资，那么在休假一天时扣除一天的工资（如果这是公司的一般做法且不违反其他法律规定）可能不被视为违法。但这种情况较为复杂，需具体分析。
关于扣工资的一般规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 如果用人单位以任何不合理或违法的理由扣除劳动者的工资，都可能构成违法。
三、建议与措施
- 核实值班性质：首先，需要核实值班是否属于法定节假日的工作。如果是，用人单位应当支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
- 审查劳动合同和公司规章制度：查看劳动合同和公司规章制度中是否有关于值班工资和补休的规定。
- 与用人单位协商：如果认为用人单位的做法违法，可以与用人单位进行协商，要求其按照法律规定支付工资。
- 寻求法律援助：如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
总结：法定节假日值班后休假一天扣一天工资是否违法，需结合值班性质、劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规来判断。如果认为用人单位的做法违法，建议采取上述措施来维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。