若法院判决明确禁止发放产权证，但行政机关仍发放了，该发放行为可能因违反法院判决而面临被撤销或确认无效的法律后果。以下从不同角度进行详细分析：

1. 从法院判决的效力角度
   法院的生效判决具有法律约束力，行政机关必须履行。若行政机关未履行法院判决，反而发放产权证，可能构成对司法权威的挑战。根据《民事诉讼法》及相关司法解释，当事人可向法院申请强制执行，要求行政机关撤销已发放的产权证。法院可通过执行程序，责令行政机关收回产权证或采取其他补救措施。

2. 从行政机关行为的合法性角度
   行政机关发放产权证的行为需以合法依据为前提。若法院判决已明确禁止发放，行政机关的发放行为可能因缺乏合法依据而被认定为违法。根据《行政诉讼法》，当事人可对行政机关的发放行为提起行政诉讼，请求法院确认该行为违法并撤销产权证。若法院支持诉求，行政机关需承担相应法律责任。

3. 从当事人权利救济角度
   若您是法院判决的受益方（如判决禁止向第三方发放产权证），可依据判决向行政机关提出异议，要求其撤销产权证。若行政机关拒绝，您可向法院申请强制执行或提起行政诉讼。若您是产权证持有方，但发放行为违反法院判决，您的产权证可能面临被撤销的风险，需及时咨询律师评估风险并制定应对策略。

建议行动步骤：

• 收集法院判决文书、行政机关发放产权证的证据（如通知书、登记记录等）；
  
• 向行政机关提出书面异议，要求其撤销产权证并说明理由；
  
• 若行政机关未回应或拒绝，向法院申请强制执行或提起行政诉讼；
  
• 咨询专业律师，制定具体诉讼策略，确保权利得到最大程度保护。
  

如有进一步疑问，可直接向我提问，我将结合具体案情提供详细法律分析。