结论前置：

1. 克扣40元工资，可以申请劳动仲裁。
2. 申请劳动仲裁时，需准备相关材料，并遵循法定程序。

详细分析：

一、克扣工资与劳动仲裁的关系

根据《劳动争议调解仲裁法》及相关劳动法律法规，克扣工资属于劳动争议范畴，劳动者有权向劳动仲裁委员会申请仲裁。无论克扣的金额大小，只要劳动者认为其合法权益受到侵害，均可依法维权。因此，克扣40元工资，同样可以申请劳动仲裁。

二、申请劳动仲裁的流程与材料

1. 提交仲裁申请书：

   • 劳动者需按照规定如实准确填写《仲裁申请书》，明确仲裁请求和所根据的事实、理由。
   • 《仲裁申请书》应一式三份，其中两份由申诉人本人或其委托代理人提交仲裁委，一份由申诉人留存。

2. 提供身份证明：

   • 申诉人是劳动者的，需提交本人身份证明的原件及复印件。
   • 申诉人是用人单位的，需提交本单位营业执照副本及复印件、本单位法定代表人身份证明、委托代理人身份证明、授权委托书等。

3. 证明劳动关系的材料：

   • 劳动者需提供能够证明与被诉人之间存在劳动关系的有关材料，如劳动合同（聘用合同或协议）、解除或终止合同通知书、工资单（条）、社会保险缴费证明等材料及复印件。

4. 其他可能需要的材料：

   • 根据立案审查的需要，仲裁委可能要求申诉人提交能够证明被诉人身份的有关材料。如被诉人是用人单位的，应当提交其工商注册登记相关情况的证明；如被诉人是劳动者的，应当提交其本人户口所在地、现居住地地址、联系电话等。

三、申请劳动仲裁的注意事项

1. 管辖地选择：

   • 劳动者可以向劳动合同履行地或者用人单位所在地的劳动仲裁委员会申请仲裁。若双方当事人分别向劳动合同履行地和用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，由劳动合同履行地的劳动争议仲裁委员会管辖。

2. 仲裁请求与赔偿金：

   • 劳动者在申请劳动仲裁时，可以主张支付赔偿金。但需注意，基本都不会支持高额赔偿金，尤其是克扣金额较小的情况下。用人单位通常不会被处罚，除非存在其他违法行为。

3. 证据收集与保存：

   • 劳动者在申请劳动仲裁前，应尽可能收集并保存与克扣工资相关的证据，如工资条、银行转账记录、同事证言等。这些证据将有助于支持劳动者的仲裁请求。

四、法律建议

1. 及时维权：

   • 劳动者在发现工资被克扣后，应及时向劳动仲裁委员会申请仲裁，避免超过法定仲裁时效。

2. 咨询专业律师：

   • 虽然本回答已提供了详细的法律指导，但每个案件的具体情况可能有所不同。因此，劳动者在申请劳动仲裁前，如有条件，可咨询专业律师以获取更具体的法律建议。不过，就本问题而言，您可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供法律帮助。

3. 保持冷静与理性：

   • 在维权过程中，劳动者应保持冷静与理性，避免采取过激行为。通过合法途径维护自己的权益是最佳选择。