司机没有工资支付凭证，不能仅以挂靠协议申请工伤认定。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、工伤认定的基本条件
根据《工伤保险条例》的相关规定，工伤认定需要满足一定的条件，包括但不限于：
- 劳动关系存在：工伤认定通常要求劳动者与用人单位之间存在劳动关系。这是工伤认定的基础，因为工伤保险是针对劳动关系中的劳动者而设立的。
- 工伤事故发生：劳动者在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害，或者因履行工作职责受到暴力等意外伤害，应当认定为工伤。
二、挂靠协议与劳动关系的区别
- 挂靠协议的性质：挂靠协议通常是指个人或单位将其资质、名义等挂靠在其他单位名下，以该单位的名义从事经营活动。这种协议并不直接等同于劳动关系，因为它不涉及劳动者与用人单位之间的实际用工关系。
- 劳动关系的认定：劳动关系是指劳动者与用人单位之间，依法所确立的劳动过程中的权利义务关系。它要求劳动者接受用人单位的管理，从事用人单位安排的工作，并由用人单位支付工资。
三、仅以挂靠协议申请工伤认定的局限性
- 缺乏劳动关系证明：仅凭挂靠协议，无法直接证明劳动者与挂靠单位之间存在劳动关系。因为挂靠协议可能只是名义上的挂靠，并不涉及实际的用工关系。
- 工资支付凭证的重要性：工资支付凭证是证明劳动关系存在的重要证据之一。如果司机没有工资支付凭证，那么仅凭挂靠协议，很难证明其与挂靠单位之间存在实际的劳动关系。
- 工伤认定的实践要求：在实际操作中，工伤认定部门通常会要求提供劳动关系证明、工资支付凭证等材料。如果无法提供这些材料，那么工伤认定申请可能会被驳回。
四、建议与措施
- 收集其他证据：如果司机确实与挂靠单位之间存在实际的劳动关系，但无法提供工资支付凭证，那么可以尝试收集其他证据来证明劳动关系，如工作证、服务证、考勤记录、同事证言等。
- 与挂靠单位协商：司机可以与挂靠单位进行协商，要求挂靠单位出具劳动关系证明或工资支付凭证等材料，以便进行工伤认定。
- 寻求法律援助：如果司机在工伤认定过程中遇到困难，可以寻求法律援助或咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和帮助。
总结来看，司机没有工资支付凭证时，不能仅以挂靠协议申请工伤认定。为了成功申请工伤认定，司机需要尽可能收集其他证据来证明其与挂靠单位之间存在实际的劳动关系。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。