您好，针对您提出的问题“大货车挂靠在运输公司，司机受伤申请工伤认定是否必须需要挂靠协议”，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确的是，在一般情况下，认定工伤确实需要满足工作时间、工作场所、工作原因三个条件，并且劳动者在申请工伤认定时，需要提交与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料。然而，在特殊情况下，比如个人挂靠单位对外经营的情形下，其聘用人员的工伤认定，并不需要确认劳动关系。

具体到您所描述的情况，大货车挂靠在运输公司，如果司机是在从事挂靠经营活动中受伤，那么根据《最高人民法院关于审理工伤保险行政案件若干问题的规定》第三条第一款第(五)项的规定：“个人挂靠其他单位对外经营，其聘用的人员因工伤亡的，被挂靠单位为承担工伤保险责任的单位。”这意味着，在这种情况下，即使司机与被挂靠的运输公司之间不存在直接的劳动关系，被挂靠的运输公司仍然需要承担工伤保险责任。

至于挂靠协议，它主要是用来明确挂靠方和被挂靠方之间的权利和义务关系的。虽然在实际操作中，挂靠协议可能对于证明挂靠关系、明确双方责任等方面有一定的作用，但在工伤认定这一特定环节中，它并不是必须的。因为工伤认定主要关注的是事故是否发生在工作时间、工作场所，以及是否因工作原因导致，而并不完全依赖于挂靠协议的存在。

不过，为了保障自身权益，建议您在挂靠经营时，还是尽量与被挂靠方签订详细的挂靠协议，明确双方的权利和义务，以便在发生纠纷时能够有据可依。同时，如果司机在工作中受伤，也应及时向相关部门申请工伤认定，并按照规定享受工伤保险待遇。

综上所述，大货车挂靠在运输公司，司机受伤申请工伤认定并不必须需要挂靠协议，但挂靠协议的存在可以为您的权益保障提供有力支持。希望我的解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。