核心结论：在根据实际施工进度付款的合同中，若因违法分包导致中途停止，实际合同价款的计算需结合合同约定、实际完成工程量、违法分包责任划分及法律规定综合判定。以下是具体分析：
1. 合同约定优先，但需审查违法分包条款的效力
- 若合同明确约定“因违法分包导致合同终止时，已完工程价款按实际完成量结算”，则应优先适用该条款。但需注意：违法分包本身可能违反《建筑法》第28条（禁止转包和违法分包），若合同条款因违法而无效（如约定“违法分包不影响结算”），则需按法定原则处理。
- 法律依据：《民法典》第157条（民事法律行为无效后，有过错的一方应赔偿对方损失）；《建设工程司法解释一》第1条（违法分包导致建设工程施工合同无效）。
2. 实际完成工程量的确认与计价
- 工程量确认：需通过现场测量、施工日志、监理确认等证据固定已完工程范围。若双方对工程量有争议，可委托第三方造价机构鉴定。
- 计价方式：
- 若合同约定了单价或总价包干，已完部分按约定比例计算（如完成50%工程量，则按50%合同价款支付）；
- 若合同无效但工程验收合格，可参照合同约定折价补偿（《民法典》第793条）；
- 若合同未约定计价方式，按市场价或定额标准计算。
3. 违法分包方的责任承担
- 发包人责任：若发包人明知或应知承包人违法分包仍同意，可能需承担部分价款支付责任（《建设工程司法解释一》第43条）；
- 承包人责任：违法分包导致合同终止的，承包人可能需赔偿发包人因工期延误、质量不合格等造成的损失，该损失可从已完工程价款中扣除；
- 实际施工人权利：实际施工人（违法分包的分包人）可突破合同相对性，直接向发包人主张已完工程价款（《建设工程司法解释一》第44条），但发包人仅在欠付承包人工程款范围内承担责任。
4. 特殊情形处理
- 工程未验收但投入使用：若发包人擅自使用已完工程，视为验收合格，应按约定支付价款（《建设工程司法解释一》第14条）；
- 质量不合格修复费用：若已完工程存在质量问题，修复费用由承包人承担，可从价款中扣除；
- 违约金与利息：若合同约定了逾期付款违约金或利息，可一并主张，但需以实际损失为限。
操作建议
- 固定证据：收集施工合同、分包协议、工程量确认单、付款凭证、监理报告等材料；
- 协商或诉讼：优先与对方协商结算方案，协商不成可依据《民事诉讼法》起诉，同时申请财产保全；
- 注意时效：工程价款纠纷诉讼时效为3年，自应付款之日起算。
提示：违法分包案件涉及合同效力、工程量鉴定、责任划分等多重法律问题，建议根据具体案情制定策略。如有进一步问题，可直接向我咨询。