关于科研项目经费通过开发票支付预付款是否合法的问题，这需要从多个角度来综合考量，包括经费来源、使用规定、税务法规等。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确科研项目经费的来源。如果经费来源于政府拨付的专项资金，那么其使用通常需要遵循特定的规定和流程。这些规定往往要求经费必须专款专用，且在使用过程中需要保持透明度和合规性。
接下来，我们考虑开发票支付预付款这一行为。在商业交易中，开发票是常见的财务操作，用于证明交易的合法性和真实性。然而，在科研项目经费的使用中，是否可以通过开发票来支付预付款，这取决于经费的具体使用规定和税务法规。
经费使用规定：
- 如果科研项目经费的使用规定中明确允许通过开发票来支付预付款，并且这一行为符合经费管理的整体要求，那么这种做法在规定上是合法的。
- 如果经费使用规定中对此没有明确说明，或者明确禁止此类行为，那么通过开发票支付预付款就可能违反规定，从而面临合规风险。
税务法规：
- 从税务角度来看，开发票支付预付款本身并不直接违反税务法规。但是，如果这一行为导致经费使用不符合税务上的“专款专用”原则，或者引发了其他税务问题（如虚开发票、偷逃税款等），那么就可能触犯税务法规。
- 此外，如果科研项目经费属于免税或减税范围，那么通过不恰当的方式（如开发票支付预付款）使用经费，可能会影响其免税或减税资格。
合规性建议：
- 在使用科研项目经费时，建议首先仔细阅读经费使用规定，确保所有操作都符合规定要求。
- 如果需要支付预付款，并且考虑通过开发票来完成，建议事先咨询财务或税务专业人士，以确保这一行为的合规性。
- 保持经费使用的透明度和记录完整性，以便在需要时提供证明。
综上所述，科研项目经费通过开发票支付预付款是否合法，取决于经费的具体使用规定和税务法规。在不确定的情况下，建议咨询相关专业人士以确保合规性。同时，保持经费使用的透明度和记录完整性也是非常重要的。