针对您提出的“科研预付款后来用了违法吗”这个问题，我首先明确一点：是否违法主要取决于科研预付款的具体使用方式和目的，以及是否违反了相关的法律法规或合同条款。
科研预付款的合法使用：
- 科研预付款通常是为了支持科研项目而预先支付的款项。如果这笔款项被用于合同或项目计划中明确规定的科研活动，且符合相关法律法规的要求，那么其使用就是合法的。
违法使用的情形：
- 如果科研预付款被挪作他用，比如用于与科研项目无关的个人消费、投资或其他非法活动，那么这种使用方式就是违法的。
- 另外，如果科研项目本身存在违法违规的情况，如涉及欺诈、虚假宣传等，那么即使预付款项被用于该项目，也可能被视为违法使用。
法律后果：
- 如果科研预付款被违法使用，可能会面临法律责任，包括但不限于返还款项、赔偿损失、承担违约责任等。
- 在严重的情况下，还可能涉及刑事犯罪，如挪用公款罪、诈骗罪等。
因此，我无法直接给出“科研预付款后来用了是否违法”的明确答案，因为这取决于具体的使用情况和相关法律法规的规定。如果您有具体的科研项目和预付款使用情况，建议您详细咨询，以便我能提供更准确的法律意见。同时，我也提醒您，在使用科研预付款时，务必遵守相关法律法规和合同条款，确保款项的合法使用。