员工收取预付款并上交公司这一行为本身并不违法，但具体是否合法需根据实际情况和法律规定综合判断。以下从不同角度为你详细分析：

一、行为性质分析

1. 职务行为角度：

   • 如果员工收取预付款是其工作职责的一部分，且按照公司规定或指示将款项上交公司，那么这一行为属于职务行为，通常不构成违法。
   • 例如，销售人员在销售过程中收取客户预付款，并按照公司流程将款项上交财务部门，这是正常的销售流程，不违法。

2. 个人行为角度：

   • 如果员工收取预付款并非基于职务需要，而是个人行为，且未将款项上交公司，而是私自挪用或侵占，那么这一行为可能构成违法，如职务侵占罪或挪用资金罪等。
   • 但根据你的描述，员工已经将款项上交公司，因此这一角度下的违法性较低，但仍需关注款项收取和上交的具体流程是否合规。

二、合规性要求

1. 公司规定与流程：

   • 公司应制定明确的预付款收取和上交流程，确保员工在收取预付款时有明确的指导和规范。
   • 员工应严格按照公司规定和流程操作，确保款项的合法性和安全性。

2. 法律法规遵守：

   • 员工在收取预付款时，应遵守相关法律法规，如《中华人民共和国合同法》（现《中华人民共和国民法典》合同编）中关于预付款的规定，确保合同条款的合法性和有效性。
   • 如果涉及特定行业或领域，如金融、保险等，还需遵守相关行业的特殊规定和监管要求。

三、潜在风险与防范

1. 资金安全风险：

   • 员工在收取预付款时，应确保资金的安全，避免丢失或被盗用。
   • 公司应建立完善的资金管理制度，对预付款的收取、保管和上交进行严格监管。

2. 法律风险：

   • 如果员工在收取预付款过程中存在违法行为，如欺诈、挪用等，公司可能面临法律纠纷和声誉损失。
   • 因此，公司应加强对员工的法律培训和合规教育，提高员工的法律意识和合规意识。

四、建议与措施

1. 完善公司制度：

   • 公司应制定完善的预付款管理制度，明确收取、保管和上交的流程和要求。
   • 定期对制度进行审查和更新，确保其符合法律法规和行业要求。

2. 加强员工培训：

   • 定期对员工进行法律培训和合规教育，提高员工的法律意识和合规意识。
   • 培训内容可以包括相关法律法规、公司制度、操作流程等。

3. 建立监督机制：

   • 公司应建立对预付款收取和上交的监督机制，确保款项的合法性和安全性。
   • 可以设立专门的监督部门或岗位，对预付款的收取、保管和上交进行定期检查和审计。

总结来说，员工收取预付款并上交公司这一行为本身并不违法，但需确保符合公司规定和法律法规的要求。公司应建立完善的预付款管理制度和监督机制，加强对员工的法律培训和合规教育，以降低潜在的法律风险和资金安全风险。如果你或公司在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。