在不是亲生的情况下，法院确定父子关系主要依据法律程序和证据规则，核心在于通过必要证据和鉴定推定规则来确认或否认亲子关系。以下从不同角度为您详细分析：

一、法律程序与证据要求

根据《民法典》第一千零七十三条，对亲子关系有异议且有正当理由的，父或者母可以向人民法院提起诉讼，请求确认或者否认亲子关系。成年子女同样有权提起此类诉讼。在诉讼过程中，请求确认亲子关系的一方需要提供必要证据，这些证据可以是直接的，如对方曾书面承认血缘的聊天记录、邮件，或支付抚养费、医疗费的凭证；也可以是间接的，如同居证明、证人证言（如邻居、亲友）、亲密合照、共同出行记录等。

二、鉴定推定规则的应用

若对方拒绝配合进行亲子鉴定，法院会依据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉婚姻家庭编的解释（一）》第三十九条的规定来处理。该条款明确：

1. 请求确认亲子关系的一方：需提供必要证据证明亲子关系存在。若被请求一方不能提供足以推翻亲子关系证据的，有配合做亲子鉴定的义务。若被请求一方拒绝配合，法院可以推定存在亲子关系。

2. 请求否认亲子关系的一方：同样需提供必要证据。若另一方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定的，法院可以认定否认亲子关系一方的主张成立。

三、实际案例中的法院推定

在实际案例中，如山东男孩小韩的案例，法院通过审查韩女士提供的证据（如三人亲密生活照片、张某曾支付孕期费用的转账记录等），并结合张某与韩女士存在婚外情且时间与小韩受孕期吻合的事实，最终推定张某与小韩存在亲子关系。这一案例展示了法院在缺乏直接亲子鉴定证据时，如何依据间接证据和推定规则来确认亲子关系。

四、亲子关系确认后的法律效果

一旦亲子关系得到确认，便会产生法律上规定的父母与子女之间的权利义务关系。这包括：

• 抚养义务：父母应当依法承担对未成年子女或不能独立生活的成年子女的抚养义务。
• 平等权利：非婚生子女享有与婚生子女同等的权利，任何组织或个人不得加以危害和歧视。
• 继承权：亲生子女依照继承法律规定，享有相应的继承父母遗产的权利。

五、特殊情形与注意事项

• 未成年人鉴定：对于8周岁以下的未成年人，鉴定需由监护人同意；8周岁以上的，则需尊重孩子意愿，法院会以儿童利益最大化原则进行裁决。
• 证据保留：微信聊天记录等电子证据需保留原始载体，并可考虑公证截屏以增强证据效力。支付凭证应注明用途，避免被认定为赠与。
• 鉴定机构选择：必须选择具备司法鉴定资质的机构进行亲子鉴定，以确保鉴定结果的法律效力。

总结来看，法院在确定不是亲生的父子关系时，会依据法律程序和证据规则进行综合判断。若您面临此类问题，建议收集并保留好相关证据，并及时咨询专业律师以获取更具体的法律指导。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。