在法院鉴定孩子和他父亲是同一父系关系的情况下，通常可以认定孩子与该父亲存在亲生关系。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律鉴定与亲生关系的认定
DNA鉴定原理：
- DNA鉴定是通过比较被鉴定人与已知亲属（如父亲）的DNA序列，来确定他们之间是否存在生物学上的亲缘关系。在父系关系鉴定中，主要比较的是Y染色体上的特定基因序列，因为Y染色体在男性中是从父亲直接传递给儿子的。
法院鉴定的法律效力：
- 当法院委托的鉴定机构进行DNA鉴定，并得出孩子与父亲是同一父系关系的结论时，这一结论在法律上具有较高的证明力。法院在审理涉及亲子关系的案件时，通常会依据此类鉴定结果来认定亲子关系。
二、可能存在的例外情况
鉴定错误或舞弊：
- 虽然DNA鉴定的准确性很高，但在极少数情况下，也可能由于样本污染、技术失误或人为舞弊等原因导致鉴定结果错误。如果存在此类情况，当事人可以申请重新鉴定或提供其他证据来反驳鉴定结果。
法律程序问题：
- 如果鉴定过程存在法律程序上的瑕疵，如未依法通知当事人、未依法采集样本等，也可能影响鉴定结果的法律效力。在这种情况下，当事人可以依法提出异议或申请重新鉴定。
三、法律建议与后续行动
接受鉴定结果：
- 如果鉴定结果明确显示孩子与父亲是同一父系关系，且没有其他相反证据，那么通常可以认定他们之间存在亲生关系。在这种情况下，当事人应接受鉴定结果，并依法处理相关事宜。
提出异议或重新鉴定：
- 如果当事人对鉴定结果有异议，认为存在鉴定错误、舞弊或法律程序问题，可以依法向法院提出异议或申请重新鉴定。在提出异议或申请重新鉴定时，当事人应提供充分的证据来支持自己的主张。
依法处理亲子关系事宜：
- 无论鉴定结果如何，当事人都应依法处理与亲子关系相关的事宜，如抚养权、继承权等。在处理这些事宜时，当事人可以寻求专业律师的帮助，以确保自己的合法权益得到保障。
总结来看，在法院鉴定孩子和他父亲是同一父系关系的情况下，通常可以认定孩子与该父亲存在亲生关系。然而，如果存在鉴定错误、舞弊或法律程序问题等例外情况，当事人可以依法提出异议或申请重新鉴定。在处理亲子关系事宜时，建议当事人寻求专业律师的帮助以确保自己的合法权益。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。