在生父拒绝进行亲子鉴定的情况下，法院将依据另一方提供的证据、法律规定及日常生活经验法则，综合判断并推定亲子关系是否成立，以维护各方尤其是子女的合法权益。以下是对此问题的详细分析：
一、婚生子女的亲子关系认定
一般原则：若孩子出生于父母婚姻关系存续期间，且没有相反证据，法律上通常直接推定该子女为生父与母亲的婚生子女。这是基于婚姻关系的稳定性和对子女权益的保护。
证据要求：母亲若能提供充分证据（如医疗记录、证人证言等），证明孩子在婚姻关系存续期间受孕并出生，且符合正常生育周期，即使生父拒绝鉴定，法院也可综合这些证据认定亲子关系成立。这些证据需要形成完整的证据链，以支持亲子关系的推定。
二、非婚生子女的亲子关系认定
提起诉讼：根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，母亲或成年子女有权向法院提起亲子关系确认之诉。这是法律赋予的权利，旨在保护非婚生子女的合法权益。
举证责任与法院认定：
其他辅助证据：除法律途径外，收集出生记录、血型对比、遗传疾病等其他辅助证据也能为亲子关系的认定提供支持。这些证据虽然可能不是直接证据，但在缺乏亲子鉴定的情况下，可以作为辅助证据来支持亲子关系的推定。
三、法院判决的具体原则
尊重当事人意愿与保护未成年人权益相结合：法院会充分尊重当事人的意愿，但也会优先考虑未成年人的合法权益。如果拒绝鉴定的一方是未成年人，且其监护人同意进行鉴定，法院可能会倾向于支持鉴定请求。
综合考量证据与事实：法院会全面审查双方提供的证据，包括出生证明、医疗记录、证人证言等。如果其他证据能够形成完整的证据链，足以证明亲子关系的存在与否，法院可能会依据这些证据作出判决。
推定原则的应用：在一方拒绝做亲子鉴定，且没有其他直接证据证明亲子关系的情况下，法院可能会根据案件的具体情况，运用推定原则来判断亲子关系的存在。例如，如果男方自认为孩子的生父并提供了相关证据，而女方无正当理由拒绝做亲子鉴定，法院可能会推定男方与孩子之间存在亲子关系。
四、法律依据
《中华人民共和国民法典》第一千零七十三条：对亲子关系有异议且有正当理由的，父或者母可以向人民法院提起诉讼，请求确认或者否认亲子关系。对亲子关系有异议且有正当理由的，成年子女可以向人民法院提起诉讼，请求确认亲子关系。
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉婚姻家庭编的解释（一）》第三十九条第二款：父或母向人民法院起诉请求否认亲子关系，并已提供必要证据予以证明，另一方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定的，人民法院可以认定否认亲子关系一方的主张成立。相对应地，也适用于确认亲子关系的情况。
总结来说，在生父拒绝进行亲子鉴定时，亲子关系的认定需综合考虑多方面因素。另一方可通过提起诉讼、承担举证责任、依靠法院认定以及收集其他辅助证据等途径来确认亲子关系。法院将依据公平、合理原则，结合全案证据进行判断，以确保各方的合法权益得到妥善维护。如果你在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。