如果孩子父亲在法院申请亲子鉴定，而母亲拒绝，可能会产生以下法律后果：
法院可能推定亲子关系不存在或存在争议：
- 在亲子关系确认的诉讼中，如果一方拒绝进行亲子鉴定，且没有其他充分证据证明亲子关系的存在与否，法院可能会根据现有证据和法律规定，推定亲子关系不存在或者存在争议。这种推定是基于民事诉讼中的举证责任原则，即当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。如果母亲拒绝鉴定，且无法提供其他证据证明亲子关系，那么法院可能会倾向于认为父亲的主张（即亲子关系可能不存在）有一定的合理性。
母亲可能面临不利的诉讼结果：
- 如果母亲拒绝亲子鉴定，且法院最终推定亲子关系不存在或存在争议，那么母亲在抚养权、继承权等与亲子关系密切相关的法律问题上，可能会面临不利的诉讼结果。例如，在抚养权纠纷中，如果法院推定孩子与父亲无亲子关系，那么父亲可能无法获得抚养权，但同时母亲也可能因为无法证明亲子关系而面临其他法律问题，如被要求返还父亲已支付的抚养费等（如果父亲之前基于误认的亲子关系支付了抚养费）。不过，具体后果还需根据案件的具体情况和法院的判决来确定。
可能影响孩子的权益：
- 亲子关系的确认对于孩子的权益至关重要。如果母亲拒绝亲子鉴定，导致亲子关系无法明确，可能会影响孩子的继承权、受抚养权等。例如，在继承纠纷中，如果亲子关系无法确认，孩子可能无法继承父亲的遗产。此外，如果亲子关系存在争议，还可能影响孩子的心理健康和社会认同感。
法律建议：
- 母亲应理性对待亲子鉴定：如果母亲认为孩子与父亲确实存在亲子关系，那么配合进行亲子鉴定是证明这一点的最直接、最有效的方式。拒绝鉴定可能会让法院产生合理的怀疑，从而对母亲不利。
- 母亲可以提供其他证据：如果母亲确实拒绝进行亲子鉴定，那么她应该积极提供其他证据来证明亲子关系的存在，如出生证明、亲子照片、共同生活的证据等。这些证据虽然可能不如亲子鉴定直接，但在一定程度上也能支持母亲的主张。
- 寻求专业法律帮助：在处理此类纠纷时，母亲应寻求专业律师的帮助，了解自己的权利和义务，以及可能面临的法律后果。律师可以根据案件的具体情况，为母亲提供有针对性的法律建议和辩护策略。
可能涉及的法律条款：
- 《中华人民共和国民法典》中关于亲子关系确认、抚养权、继承权等相关规定。
- 《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉婚姻家庭编的解释（一）》中关于亲子关系诉讼的相关规定。
总结：母亲拒绝亲子鉴定可能会产生一系列不利的法律后果，包括法院推定亲子关系不存在或存在争议、面临不利的诉讼结果以及可能影响孩子的权益。因此，在处理此类纠纷时，母亲应理性对待亲子鉴定，积极提供其他证据，并寻求专业法律帮助。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。