当面临申请法院做亲子鉴定而父亲不同意的情况时，您可以依据相关法律法规来维护自己的合法权益。以下是我为您详细梳理的解答：
一、法律依据与诉讼途径
根据《中华人民共和国民法典》第一千零七十三条的规定，如果您对亲子关系有异议且有正当理由，您（无论是父、母还是成年子女）都有权向人民法院提起诉讼，请求确认或者否认亲子关系。这是您维护自身权益的法律依据。
二、法院的处理原则
自愿原则与尊重意愿：
- 亲子鉴定确实涉及人身权利和个人隐私，因此不能强制进行。法院在处理此类案件时，会充分尊重双方的意愿，以自愿为原则。
举证责任：
- 作为提起诉讼的一方，您需要承担举证责任，即提供足够的证据来支持自己的主张。例如，如果您想否认亲子关系，可以提供孩子出生时间与双方同居时间不符、血型不符等证据；如果您想确认亲子关系，可以提供亲子鉴定样本初步比对结果（如果有的话）、双方存在生育可能的时间及事实等证据。
- 如果您无法提供足够的证据，而在婚姻关系存续期间所生的孩子，通常会被推定为婚生子女。
法院的综合判断：
- 在您提供了必要证据，而另一方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定的情况下，法院会根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉婚姻家庭编的解释（一）》的相关规定，综合判断并作出裁决。具体来说，如果否认亲子关系的一方提供了必要证据，而另一方拒绝鉴定且无相反证据，法院可能认定否认亲子关系的主张成立；同样，如果确认亲子关系的一方提供了必要证据，而另一方拒绝鉴定且无相反证据，法院也可能认定确认亲子关系的主张成立。
三、实际操作建议
收集证据：
- 在提起诉讼前，建议您充分收集相关证据，如孩子的出生证明、家庭关系证明、双方的关系证明（如往来书信、通话记录、照片等），以及任何可能支持您主张的其他证据。
咨询专业律师：
- 考虑到亲子鉴定案件的复杂性和敏感性，建议您在提起诉讼前咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和指导。
遵循法律程序：
- 在提起诉讼后，请遵循法院的法律程序，按时出庭、提交证据，并积极配合法院的调查和审理工作。
四、总结与展望
面对一方不同意做亲子鉴定的情况，您不必过于担忧。通过依法向人民法院提起诉讼，并承担举证责任，您有机会维护自己的合法权益。法院将根据提供的证据和双方陈述，综合判断亲子关系的存在与否，并作出公正裁决。在这个过程中，请保持冷静和理性，遵循法律程序，相信法律会给您一个公正的答案。