公司在另案中出具委托书由员工代理，在劳动争议中一般不能直接否认劳动关系。以下从不同角度进行分析：
从委托书性质来看
委托书通常是公司为了处理特定法律事务，授权员工代表公司进行相关法律行为的一种文件。它主要体现的是公司对员工在特定事项上的代理授权，而非对劳动关系的确认或否认。在劳动争议中，如果公司仅以在另案中出具了委托书给员工代理为由，试图否认与该员工存在劳动关系，这种做法缺乏法律依据。因为委托书的存在，恰恰可能从侧面证明员工与公司之间存在某种联系，而这种联系在多数情况下是与劳动关系相关的。
从劳动关系认定要素来看
劳动关系的认定通常基于一系列要素，包括但不限于：劳动者是否接受用人单位的管理、是否从事用人单位安排的有报酬的劳动、劳动者提供的劳动是否是用人单位业务的组成部分等。这些要素是判断劳动关系是否存在的主要依据。而公司在另案中出具的委托书，并不直接涉及这些要素的认定，因此不能作为否认劳动关系的直接证据。
从法律实践角度来看
在司法实践中，法院或仲裁机构在认定劳动关系时，会综合考虑多种证据，包括但不限于劳动合同、工资支付记录、社保缴纳记录、工作证、服务证等。委托书虽然可能作为辅助证据之一，但通常不会单独作为认定或否认劳动关系的依据。如果公司试图仅凭委托书来否认劳动关系，很可能会因为证据不足而得不到法院或仲裁机构的支持。
特殊情况说明
当然，也存在一些特殊情况。比如，如果委托书中明确载明了员工与公司之间不存在劳动关系，或者委托事项与劳动关系完全无关，且有其他充分证据证明这一点，那么公司可能在一定程度上能够主张其与员工之间不存在劳动关系。但这种情况非常罕见，且需要公司提供充分的证据来支持其主张。
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