未经过登记的土地承包经营权证书，其合法性需分情况讨论：

1. 法律对登记的要求
   根据《农村土地承包法》第二十三条，承包合同自成立之日起生效，承包方自合同生效时取得土地承包经营权。登记并非经营权生效的必要条件，而是对抗第三人的要件。也就是说，未登记不影响承包合同的效力，但可能影响权利的对外公示效力。

2. 未登记证书的效力

   • 对内效力：若证书内容与实际承包合同一致，且合同双方无争议，则证书在发包方与承包方之间具有法律效力，承包方仍可依法行使经营权。
     
   • 对外效力：若未登记，当第三方主张权利（如土地流转、抵押等场景）时，承包方可能因缺乏公示证明而面临举证困难，甚至影响权利主张。

3. 实务建议

   • 及时补办登记：根据《不动产登记暂行条例》，土地承包经营权纳入不动产统一登记范围。建议尽快向当地农业农村部门或不动产登记机构申请登记，以完善权利公示。
     
   • 保留合同原件：若暂未登记，务必妥善保存承包合同原件，作为权利来源的核心证据。
     
   • 警惕纠纷风险：未登记可能增加土地流转、继承等场景下的法律风险，需提前通过书面协议明确权利义务。

总结：未登记的土地承包经营权证书本身不违法，但可能影响权利的对外保护。建议优先完成登记手续，以最大限度保障合法权益。如有具体纠纷或操作疑问，可进一步向我说明情况。