在解答您关于“土地承包经营权是按承包合同还是登记证书”的问题时，我们首先要明确的是，土地承包合同与土地承包经营权证书在土地承包关系中均占据着举足轻重的地位，它们共同构成了土地承包经营权的法律基石。
一、土地承包合同的核心作用
土地承包合同是发包方与承包方之间，就土地承包事宜所达成的具有法律约束力的协议。它详细规定了双方在土地承包过程中的各项具体事项，包括但不限于土地的名称、坐落、面积、质量等级、承包期限、用途，以及双方的权利和义务等。根据《农村土地承包法》的相关规定，承包合同自成立之日起即生效，承包方也自此取得土地承包经营权。这意味着，合同是承包方取得土地承包经营权的直接和首要依据。
二、土地承包经营权证书的法律意义
土地承包经营权证书，则是国家依法确认承包方享有土地承包经营权的法律凭证。它具有公示公信的效力，能够向社会公众表明承包方对特定土地享有合法的承包经营权。这一证书不仅有效维护了承包方的权益，防止了因权属不清而产生的纠纷，还为土地流转提供了法律依据，保障了土地流转的合法性和有序性。
三、合同与证书不一致时的处理原则
尽管土地承包合同与土地承包经营权证书在内容上应保持一致，但在实际操作中，两者有时可能出现不一致的情况。此时，我们需要根据具体情形来判断何者具有优先效力：
以合同为准的情况：如果土地承包经营权证书的登记内容存在错误，而合同是双方真实意思的准确表达，并能提供充分证据证明合同的真实性和合法性，那么应以土地承包合同为准。特别是在证书颁发在后，且合同签订过程符合法定程序，不存在违法违规情形的情况下，后因颁发证书过程中出现偏差导致与合同不一致，一般应以在先的、真实合法的合同为准。
以经营权证书为准的情况：如果土地承包合同存在欺诈、胁迫、重大误解等可撤销或无效的法定事由，而证书是依法经过严格的登记程序颁发的，那么此时应以土地承包经营权证书为准。此外，在土地承包经营权流转过程中，如果受让人是基于对证书的合理信赖而进行了流转交易，且不知晓承包合同与证书不一致的情况，为保护善意第三人的合法权益和交易安全，也可能会以土地承包经营权证书为准。
四、实际应用中的建议
为了避免土地承包合同与土地承包经营权证书不一致所带来的争议和风险，我建议您在签订土地承包合同时，务必确保合同条款的清晰、准确和合法。同时，在取得土地承包经营权证书后，应仔细核对证书内容是否与合同一致。如发现不一致，应及时与发包方沟通协商，明确权益归属和解决方案。如果双方无法协商一致，可通过法律途径解决争议，以确保自身合法权益得到保障。
综上所述，土地承包合同与土地承包经营权证书在土地承包关系中缺一不可。在处理两者不一致的情况时，我们应根据具体情形判断何者具有优先效力，并遵循相关法律法规的规定，以确保土地承包关系的稳定和承包方合法权益的保护。