法院确实有可能因行政法规不合法而拒绝适用。这一结论基于我国法律体系中的相关原则和规定，以下从不同角度进行详细分析：
一、法律适用原则
合法性原则：法院在审理案件时，必须依据合法有效的法律、法规进行裁判。如果行政法规本身存在违法情形，如与上位法（如法律、行政法规的效力层级更高的规定）相抵触，或者违反了宪法的基本原则，那么法院在审理相关案件时，有权拒绝适用该不合法的行政法规。
上位法优于下位法原则：在法律体系中，上位法的效力高于下位法。如果行政法规与法律相抵触，法院应当优先适用法律，而拒绝适用不合法的行政法规。
二、具体情形分析
行政法规与法律相抵触：
- 当行政法规的具体规定与法律相冲突时，法院在审理相关案件时，会依据法律的规定进行裁判，而拒绝适用与之相抵触的行政法规。
- 例如，如果某项行政法规规定了与法律相悖的处罚措施或权利义务关系，法院在审理涉及该行政法规的案件时，会依法排除其适用。
行政法规违反宪法原则：
- 宪法是我国的根本大法，具有最高的法律效力。如果行政法规违反了宪法的基本原则或精神，法院在审理相关案件时，同样有权拒绝适用。
- 例如，如果行政法规侵犯了公民的基本权利或自由，与宪法的保障相悖，法院会依法不予适用。
行政法规存在程序违法：
- 除了实体内容上的违法外，如果行政法规的制定程序存在违法情形，如未经法定程序制定、公布或实施，法院在审理相关案件时也可能拒绝适用。
- 程序的合法性是保障实体正义的重要前提，因此法院在审查行政法规的合法性时，会关注其制定程序的合规性。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 如果法院拒绝适用不合法的行政法规，可能会导致相关行政行为的无效或被撤销。
- 同时，这也会促使行政机关重新审视和修订不合法的行政法规，以符合法律的要求和原则。
建议：
- 对于行政机关而言，应当加强行政法规的合法性审查，确保其与法律、宪法等上位法保持一致。
- 对于公民或法人而言，如果认为行政法规不合法且影响了自己的权益，可以通过法律途径向法院提起诉讼，请求法院审查并拒绝适用不合法的行政法规。
举例说明：假设某项行政法规规定了与《中华人民共和国行政处罚法》相抵触的处罚措施，如对轻微违法行为设定了过重的罚款。在审理涉及该行政法规的案件时，法院会依据《中华人民共和国行政处罚法》的规定进行裁判，而拒绝适用与之相抵触的行政法规条款。
综上所述，法院在审理案件时，如果发现行政法规不合法，确实有权拒绝适用。这是维护法律统一性和权威性的重要体现。如果您在法律方面有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。