劳动争议案件中的经济补偿金是可以进行调解的。

在劳动法律关系中，当劳动合同解除或终止后，用人单位支付经济补偿金是一种常见的做法。而关于经济补偿金的数额、支付方式等具体细节，双方是完全可以进行协商和调解的。

一、调解的合法性

从法律的角度来看，调解经济补偿金是符合意思自治原则的。双方可以在平等、自愿、公平、诚实信用的基础上，就经济补偿金的数额、支付方式等进行协商，并达成一致意见。这种协商和调解的过程，是受到法律保护的。

二、调解的原则

在进行经济补偿金的调解时，双方需要遵循一些基本原则：

1. 平等自愿：双方应在平等的基础上进行协商，任何一方都不得强迫另一方接受不合理的条件。
2. 公平合理：调解的结果应公平合理，既要考虑到劳动者的权益，也要考虑到用人单位的实际情况。
3. 诚实信用：双方在协商过程中应诚实守信，不得有欺诈、胁迫等违法行为。

三、调解的书面协议

如果双方通过调解达成了一致意见，那么最好签订一份书面协议。这份协议应明确双方的权利和义务，包括经济补偿金的具体数额、支付方式、支付时间等。这样，一旦后续出现纠纷，双方就可以依据这份书面协议来解决问题。

四、调解不成的处理

如果双方无法就经济补偿金达成一致意见，那么劳动者可以依法申请劳动仲裁或提起诉讼。在这种情况下，仲裁机构或法院将根据法律规定来确定具体的经济补偿数额。

五、注意事项

在进行经济补偿金的调解时，双方还需要注意以下几点：

1. 调解结果不得违法：调解的结果必须符合法律法规的强制性规定，不得违反法律的基本原则和精神。
2. 考虑相关因素：在确定经济补偿金的数额时，双方应考虑到劳动者的工作年限、工资水平等因素，以确保调解结果的公平性和合理性。

综上所述，劳动争议案件中的经济补偿金是可以进行调解的。双方应在平等、自愿、公平、诚实信用的基础上进行协商，并达成一致意见。如果调解不成，劳动者可以依法申请劳动仲裁或提起诉讼来维护自己的合法权益。