公司直接以考核名义长期扣员工工资是违法的，但公司可以通过合法有效的规章制度及绩效考核制度来规范员工行为并实施相应的经济管理措施。以下是对此问题的详细分析：

一、公司直接以考核名义扣工资的违法性

1. 罚款权的归属：

   • 罚款属于公权力范畴，其行使必须有明确的法律依据。企业作为民事主体，与员工之间建立的是平等的劳动关系，并不具备对员工进行罚款的法律权限。因此，公司直接以考核名义对员工罚款，缺乏法律依据，是违法的。

2. 劳动法规定：

   • 根据《工资支付暂行规定》第十六条，若劳动者因个人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，且赔偿额可从工资中扣除，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，并确保扣除后剩余工资不低于当地最低工资标准。这一规定并未赋予公司直接的罚款权，而是针对经济损失的赔偿进行了规范。公司若以此为由长期扣工资，可能违反了该规定。

二、公司合法的经济管理措施

1. 绩效考核制度：

   • 公司可以设立“月考核奖”或“年考核奖”等综合考核奖项，将出勤、安全、质量、劳动纪律等方面纳入考核范围。通过绩效考核来激励和约束员工行为，对于达到考核要求的员工给予全额奖励，未达到要求的则按比例或减少奖励。这种制度既符合法律法规，又能有效管理员工。

2. 规章制度的制定与执行：

   • 规章制度的制定应遵循公平、公正、合理的原则，确保员工的合法权益不受侵害。在执行过程中，公司应严格按照规章制度办事，避免滥用管理权或打击报复员工。同时，规章制度应经过民主程序制定（如职工代表大会讨论通过），并已向员工公示或告知，以确保其合法性和有效性。

三、实际应用中的注意事项

1. 与员工沟通协商：

   • 公司在制定和执行规章制度及绩效考核制度时，应注重与员工的沟通与协商，确保制度的合理性和可接受性。这有助于增强员工的归属感和责任感，提高工作效率。

2. 教育与处罚相结合：

   • 在处理员工违规行为时，公司应坚持教育与处罚相结合的原则，以教育为主、处罚为辅。避免过度依赖经济手段来解决问题，以免引发员工的不满和抵触情绪。

3. 积极回应员工异议：

   • 如遇员工对公司管理制度提出异议或投诉，公司应积极回应并妥善处理。通过沟通协商解决问题，维护良好的劳动关系和企业形象。

建议：若公司存在以考核名义长期扣员工工资的情况，员工有权向劳动监察部门提出申诉并寻求帮助。同时，公司也应审视自身的管理制度，确保其合法性和合理性。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。