公司以绩效考核为由扣工资是否合法，主要取决于绩效考核制度的合法性、明确性，扣除比例的合理性，以及扣除后工资是否低于最低工资标准等多个因素。以下是对此问题的详细分析：
合法情形及条件
制度依据合法且明确：
- 公司应制定完善的绩效考核制度和薪酬管理制度，这些制度需经过民主程序（如职工代表大会或全体职工讨论）制定，并向劳动者公示或告知。
- 绩效考核制度应明确考核标准、考核周期、考核结果的应用等关键内容，确保员工了解并认可。
- 举例：若公司规章制度中明确规定了“员工月度绩效考核未达标，将扣减当月绩效工资的10%”，且该制度经过了民主程序制定并公示，那么公司在此情况下扣减工资是合法的。
合同约定明确：
- 用人单位与劳动者签订的劳动合同中应明确约定绩效工资的发放条件和扣减规则。
- 若劳动合同中有“因劳动者未能达到绩效考核标准，用人单位可以扣减绩效工资”的类似条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，则公司有权根据绩效考核结果扣减工资。
合理性与公正性：
- 绩效考核过程应公开透明，确保考核结果的客观性和公正性。
- 扣减工资的比例和幅度应合理，避免过度扣减导致劳动者收入过低。
- 举例：若公司因员工一次轻微的工作失误就扣减其当月全部绩效工资，这种扣减方式显然缺乏合理性，可能被视为违法。
法律底线：
- 扣减后的工资不得低于当地最低工资标准。
- 扣减工资的行为不得违反《中华人民共和国劳动法》《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规的规定。
不合法情形及后果
无制度或合同依据：
- 若公司未制定绩效考核制度或未在劳动合同中约定绩效工资的扣减规则，则公司无权擅自扣减劳动者的工资。
考核过程不公正：
- 若绩效考核过程存在主观臆断、暗箱操作等行为，导致考核结果不公正，则公司基于该结果扣减工资的行为可能被视为违法。
违反法律底线：
- 若扣减后的工资低于当地最低工资标准，或扣减行为违反了其他法律法规的强制性规定，则公司的行为构成违法。
- 举例：若某地区最低工资标准为2000元/月，而公司扣减员工工资后，其实际收入仅为1800元/月，这种扣减行为就违反了法律底线。
法律后果：
- 对于违法的扣减工资行为，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司补发工资并承担相应的法律责任。
劳动者权益保护建议
- 了解制度：劳动者在入职时，应仔细了解公司的绩效考核制度和薪酬管理制度，确保自己了解并认可这些制度。
- 审查合同：在签订劳动合同时，劳动者应仔细审查合同中关于绩效考核与工资挂钩的条款，确保自身权益得到保障。
- 及时沟通：若认为公司以绩效考核为由扣工资的行为不合法，劳动者可与公司进行协商解决；协商不成时，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。
综上所述，公司以绩效考核为由扣工资是否合法，需要综合考虑多个因素。劳动者在面临此类问题时，应充分了解自己的权益和维权途径，并在必要时寻求我的法律帮助以确保自身权益不受侵害。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。