结论：若您在民营企业上班时收取了客户4万元且公司知晓但不追究，是否会有法律问题取决于款项的性质、公司的态度及后续行为。以下从不同角度为您详细分析。
一、款项性质是关键
合法款项：
- 若这4万元是您应得的合法收入，如业务提成、奖金等，且公司对此有明确规定并认可，那么您收取这笔款项是合法的，公司不追究自然也不会有问题。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者有权获得合法的劳动报酬。
非法款项：
- 若这4万元是客户以不正当手段（如贿赂）给予的，意图通过您影响公司决策或获取不正当利益，那么您收取这笔款项就可能构成违法。
- 法律后果：根据《中华人民共和国刑法》及相关规定，受贿行为可能面临刑事处罚，包括有期徒刑、罚金等。同时，公司若事后发现并追究，您还可能面临内部纪律处分或解雇。
二、公司态度及后续行为的影响
公司明确认可：
- 若公司明确知晓并认可您收取这4万元，且没有提出任何异议或要求返还，那么从公司层面来看，您可能不会面临直接的法律问题。
- 但需注意：即使公司不追究，若款项性质非法，您仍可能面临法律风险。
公司事后反悔或发现非法性质：
- 若公司事后反悔，要求您返还这4万元，或者发现款项性质非法并决定追究，那么您将面临法律纠纷和可能的法律责任。
- 建议：在这种情况下，您应积极与公司沟通，说明款项性质，并寻求法律帮助以维护自己的合法权益。
三、其他潜在风险
税务风险：
- 无论款项性质如何，您收取这4万元都可能需要缴纳个人所得税。若未依法纳税，可能面临税务部门的处罚。
- 建议：及时咨询税务部门或专业税务律师，了解纳税义务并依法纳税。
职业道德风险：
- 作为公司员工，收取客户不当款项可能违反职业道德规范，影响您的职业声誉和未来发展。
- 建议：坚守职业道德底线，拒绝任何不当利益。
四、综合建议
- 明确款项性质：首先弄清楚这4万元的性质，是合法收入还是非法款项。
- 与公司沟通：若款项性质合法且公司认可，可与公司沟通确认；若款项性质非法或公司态度不明，应谨慎处理。
- 依法纳税：无论款项性质如何，都应依法缴纳个人所得税。
- 寻求法律帮助：若面临法律纠纷或不确定如何处理，应及时咨询专业律师以获取法律帮助。
最后，作为专业律师，我建议您在处理此类问题时务必谨慎，确保自己的行为合法合规。若您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。