为防止公司不承认收到诊断证明，可从证据留存、送达方式、沟通记录、制度遵循四个方面着手，具体建议如下：

1. 优先选择书面送达并留存凭证

• 邮寄送达：通过EMS（邮政特递）寄送诊断证明原件，在邮寄单“内件品名”栏明确标注“诊断证明及病历材料”，并保留邮寄回执、物流跟踪记录。EMS的官方签收记录具有法律效力，可证明公司已收件。
• 当面交接：若需当面提交，可要求公司接收人员（如HR或直属领导）在诊断证明复印件上签字确认“已收到原件”，并注明日期。若对方拒绝签字，可邀请同事作为见证人，或通过录音、录像记录交接过程。

2. 同步发送电子版并确认接收

• 邮件/企业微信发送：将诊断证明扫描件通过公司官方邮箱或企业微信发送给对接人，邮件标题注明“XXX（姓名）诊断证明提交-请查收”，正文写明“附件为本人于XX年XX月XX日开具的诊断证明，请确认收到”。要求对方回复“已收到”或明确接收意见。
• 短信/微信补充：若公司未及时回复邮件，可通过短信或微信再次提醒，并保留沟通记录。例如：“XX总，我已于今日上午通过邮件提交诊断证明，请查收并确认，谢谢！”

3. 保留医疗流程的完整证据链

• 就诊记录佐证：除诊断证明外，保留挂号单、检查报告、缴费凭证等材料，证明就诊真实性。若公司质疑诊断证明真实性，可提供这些材料作为辅助证据。
• 医生沟通记录：若诊断涉及特殊病情（如需长期休养），可请医生在病历中注明病情及建议休息时间，或出具书面说明，增强证明力。

4. 遵循公司制度并主动沟通

• 提前确认流程：提交前通过员工手册或询问HR，明确公司对病假材料的要求（如是否需要医院盖章、是否接受电子版等），避免因格式问题被拒收。
• 书面申请病假：提交诊断证明时，同步提交书面病假申请，注明“根据诊断证明，需从XX年XX月XX日至XX年XX月XX日休病假”，并要求公司签字确认。若公司未回复，可视为默认接受。

5. 法律救济途径

• 若公司拒不承认：可向当地劳动监察大队投诉，或申请劳动仲裁，主张公司未依法处理病假申请。此时，前述邮寄凭证、沟通记录、医疗材料将作为关键证据。
• 法律依据：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工提交合法医疗证明后，用人单位应批准病假。公司拒不承认可能构成违法解除劳动合同（如以此为由开除员工），需承担赔偿责任。

总结：关键是通过书面化、可追溯的方式提交材料，并主动留存证据。若公司仍不承认，可依法维权。如有具体操作疑问，可直接向我咨询。